1. Оптимизация структуры азулена и нафталина
Smiles представления молекул:
Azulene : C1=CC=C2C=CC=C2C=C1 Napthalene: c1ccc2ccccc2c1
Используя силовое поле UFF получим плоские молекулы:
obgen azulene.smi -ff UFF > azu.mol
obgen napthalene.smi -ff UFF > napt.mol
Входные файлы для оптимизации геометрии средствами GAMESS, после выполнения всех необходимых команд: azu_opt.inp, napt_opt.inp.
2. Оптимизация геометрии с помощью GAMESS
Запустим GAMESS следующим образом:
gms nap_opt.inp 1 >& nap_opt.log
gms azu_opt.inp 1 >& azu_opt.log
Получили файлы: azu_opt.log и napt_opt.log.
Оптимизация геометрии проводилась с базисом 6 гауссовых функций для невалентных электронов и 4 гауссовые функции для валентных электронов.
3. Расчет энергии методами Хартри-Фока и теории функционала плотности
Создадим по 2 входных файла для каждой молекулы:
Azulene: azu_opt_hf.inp, azu_opt_dft.inp
Napthalene: azu_opt_hf.inp, napt_opt_dft.inp
Теперь рассчитаем четыре системы: два способа на каждую молекулу. Получили файлы:
azu_opt_hf.log, azu_opt_dft.log, napt_opt_hf.log, napt_opt_dft.log
4. Сравнение энергий
Метод |
Азулен |
Нафталин |
Δ, Hartree |
Δ, kCal/mol |
Хартри-Фок |
-383.282 |
-383.355 |
|
45.301 |
DFT |
|
|
0.054 |
|
Метод DFT согласуется лучше с энергей изомеризации нафталина в азулен, полученную из эксперементальных данных (составляющей 35.3±2.2 kCal/mol).
