1. Добавим путь к скриптам RED на perl в системный путь:
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
C помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим pdb файл:
Ante_RED.pl et.pdb
Переименуем p2n файл в Mol_red1.p2n. И запустим RED:
RED-vIII.4.pl
Получим файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами.
Они нам нужны для того чтобы создать файл описания молекулы в формате пакета программ GROMACS.
2. Описание молекулы: et.top
3. С помощью скрипта создадим 7 топологий с разными значениями epsilon, проведем рассчет для каждой системы молекулярную динамику с каждым файлом топологии (файл с настройкам для динамики) и посчитаем сами значения энергий с помощью утилиты g_energy.
Можно конвертировать траекторию trr в pdb и посмотреть в PyMol:
trjconv_d -f v_3 -s v_3 -o v_3.pdb
Так были конвертированы 2 траектории: v_1.pdb и v_3.pdb
4. Файлы со средними значениями энергий для разных значений epsilon водорода: eps_gas.txt (для газообразной фазы) и eps_jidk.txt (для жидкой фазы). VdW взаимодействия в газообразной фазе малы порядка 10-4, в жидкой фазе минимальный порядок 1. VdW взаимодействий больше вклада кулоновских взаимодействий. Значение epsilon лежит в диапозоне от 0.01562 до 0.03703.
