На страницу четвертого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

  1. Поиск нужного термина в словарях GO

  2. Описание функции белка CYNS_ecoli с помощью GOA
  3. По данным БД GOA составлена таблица следующего вида:

      Онтология GO (имя) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
    Где? Component 0 Поле Component не содержит записей
    Зачем, для чего? Process (Метаболический процесс; Цианат метаболический процесс) 2 Процессы, которые являются причиной многих химических изменений в живых организмах, в частности анаболизм и катаболизм. Метаболические процессы обычно преобразуют небольшие молекулы,но также сюда относятся и макромолкулярные процессы, такие как восстановление и репликация ДНК, синтез и разрушение белка. При этом могут происходить реакции и даже каскады реакций с участием цианата, NCO-, аниона циановой кислоты.
    Молекулярный механизм? Function (Цианат-гидратазная активность;Лиазная активность; Гидро-лиазная активность) 1 Катализ реакции: cyanate (NCO-) + H2O = carbamate (H2N-CO-O-); Катализ расщепления С-С, С-О и С-N связей. Катализ расшепления углерод-кислородной связи путем удаления воды
    Специфичность? Function - -

  4. Создание больших выборок белков с определенными функциями
  5. Протеом Drosophila melanogaster. Результаты поиска в UniProt, 20.03.2007 г.
      Количество записей Запрос
    Всего 28991 (([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*])
    С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 4471 ((([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]))
    В том числе интегральные белки мембраны 61 (((([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*])
    В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) 0 По запросу ничего не найдено
    В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) 18 ((((([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA*] | [uniprot-DBxref_:TAS*]))
     
    При изучении документа Uniprot, было обнаружено, что ссылка на GO находится в
     поле DBxref, а F, P и C  являются обозначениями трех онтологий GO, 
    то есть функции, процесса и компонента соотетственно.
    Таким образом, можно отметить, что лишь около 15% всех белков Drosophila melanogaster имеют все три онтологии,
    в частности для интегральных белков плазматической мембраны, их количество становится ничтожно малым. 
    При этом ни один из них не имеет самого хорошего доказательства. И лишь 18 подтверждены достоверными данными. 

     


©Babskaya Evgeniya, 2005