На страницу четвертого семестра
По данным БД GOA составлена таблица следующего вида:
Онтология GO (имя) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | |
---|---|---|---|
Где? | Component | 0 | Поле Component не содержит записей |
Зачем, для чего? | Process (Метаболический процесс; Цианат метаболический процесс) | 2 | Процессы, которые являются причиной многих химических изменений в живых организмах, в частности анаболизм и катаболизм. Метаболические процессы обычно преобразуют небольшие молекулы,но также сюда относятся и макромолкулярные процессы, такие как восстановление и репликация ДНК, синтез и разрушение белка. При этом могут происходить реакции и даже каскады реакций с участием цианата, NCO-, аниона циановой кислоты. |
Молекулярный механизм? | Function (Цианат-гидратазная активность;Лиазная активность; Гидро-лиазная активность) | 1 | Катализ реакции: cyanate (NCO-) + H2O = carbamate (H2N-CO-O-); Катализ расщепления С-С, С-О и С-N связей. Катализ расшепления углерод-кислородной связи путем удаления воды |
Специфичность? | Function | - | - |
Количество записей | Запрос | |
Всего | 28991 | (([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*]) |
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO | 4471 | ((([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) |
В том числе интегральные белки мембраны | 61 | (((([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*]) |
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) | 0 | По запросу ничего не найдено |
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) | 18 | ((((([uniprot-Organism:Drosophila*] & [uniprot-Organism:melanogaster*]) | [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA*] | [uniprot-DBxref_:TAS*])) |
При изучении документа Uniprot, было обнаружено, что ссылка на GO находится в поле DBxref, а F, P и C являются обозначениями трех онтологий GO, то есть функции, процесса и компонента соотетственно. Таким образом, можно отметить, что лишь около 15% всех белков Drosophila melanogaster имеют все три онтологии, в частности для интегральных белков плазматической мембраны, их количество становится ничтожно малым. При этом ни один из них не имеет самого хорошего доказательства. И лишь 18 подтверждены достоверными данными.