Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Заданное описание локализации - интегральный белок мембраны
Выбранный термин GO и его идентификатор - integral to plasma membrane; GO:0005887
Название онтологии GO и его перевод на русский - cellular component, клеточный компонент.
Определение термина - Пронизывает, по крайней мере, один из фосфолипидных слоев плазматической мембраны. Может также быть встроенным в бислой, не имея выступов.

Описание функции белка CYNS_ecoli с помощью GOA

По данным БД GOA составлена таблица следующего вида:

	Онтология GO (имя)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	Component	0	Поле Component не содержит записей
Зачем, для чего?	Process (Метаболический процесс; Цианат метаболический процесс)	2	Процессы, которые являются причиной многих химических изменений в живых организмах, в частности анаболизм и катаболизм. Метаболические процессы обычно преобразуют небольшие молекулы,но также сюда относятся и макромолкулярные процессы, такие как восстановление и репликация ДНК, синтез и разрушение белка. При этом могут происходить реакции и даже каскады реакций с участием цианата, NCO-, аниона циановой кислоты.
Молекулярный механизм?	Function (Цианат-гидратазная активность;Лиазная активность; Гидро-лиазная активность)	1	Катализ реакции: cyanate (NCO-) + H2O = carbamate (H2N-CO-O-); Катализ расщепления С-С, С-О и С-N связей. Катализ расшепления углерод-кислородной связи путем удаления воды
Специфичность?	Function	-	-

Создание больших выборок белков с определенными функциями

	Количество записей	Запрос
Всего	28991	(([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	4471	((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & (([uniprot-DBxref_:F:] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:P:]))
В том числе интегральные белки мембраны	61	(((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & (([uniprot-DBxref_:F:] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:P:])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*])
В том числе *только* с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS)	0	По запросу ничего не найдено
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS)	18	((((([uniprot-Organism:Drosophila] & [uniprot-Organism:melanogaster]) \| [uniprot-Organism:Drosophila melanogaster]) & (([uniprot-DBxref_:F:] & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:P:])) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887]) & ([uniprot-DBxref_:IDA] \| [uniprot-DBxref_:TAS*]))

 
При изучении документа Uniprot, было обнаружено, что ссылка на GO находится в
 поле DBxref, а F, P и C  являются обозначениями трех онтологий GO, 
то есть функции, процесса и компонента соотетственно.
Таким образом, можно отметить, что лишь около 15% всех белков Drosophila melanogaster имеют все три онтологии,
в частности для интегральных белков плазматической мембраны, их количество становится ничтожно малым. 
При этом ни один из них не имеет самого хорошего доказательства. И лишь 18 подтверждены достоверными данными.