- Поиск графических формул и идентификаторов заданных низкомолекулярных веществ в KEGG.
Для задания: "Деградация аспартата до ацетил кофермента А".
Аспартат: Aspartate
Ацетил кофермент А: Acetyl coenzyme A.
- Поиск метаболического пути. Выделение цветом пути превращения заданных веществ.
Был выбран путь перехода Аспартата в Ацетил кофермент А, кратчайший из подобных перходов идет в три стадии. На данном изображении красным выделены Ацeтил кофермент А и аспартат. Желтым выделены ферменты, катализирующие реакции переходов от одного к другому. В данном случае от аспартата к Ацетил коферменту А. Запрос в данном случае выглядел так:
cpd:C00049 red cpd:C00024 red 4.1.1.12 yellow 2.6.1.44 yellow 1.2.1.51 yellow
Карта, из которой взят интересующий нас участок, называется "Метаболизм Аланина и Аспартата".
- Исследование выбранного метаболического пути
-
Все три этапа перхода представлены в таблице.
- Возможна ли выбранная цепочка реакций у конкретных организмов,показывает следующая таблица:
ОрганизмВозможнa ли деградация аспартата до ацетил кофермента А по данным KEGG ? (Да/нет)Краткое обоснование
Homo sapiens нетиз 3 необходимых ферментов только для одного найден ген - 2.6.1.44 Escherichia coli нетнеизвестны гены ферментов ни для одной из трех стадий Pseudomonas aeruginosa PAO1 нетнеизвестны гены ферментов ни для одной из трех стадий Methanococcus janaschii нетнеизвестны гены ферментов ни для одной из трех стадий
Возможный путь превращения Аспартата в Ацетил кофермент А.ЭтапФерментативная реакцияФермент1 L-Aspartate <=> L-Alanine + CO2 EC 4.1.1.12 2 L-Alanine + Glyoxylate <=> Pyruvate + Glycine EC 2.6.1.44 3 Pyruvate + CoA + NAD+ <=> Acetyl-CoA + CO2 + NADH EC 1.2.1.51
- Возможна ли выбранная цепочка реакций у конкретных организмов,показывает следующая таблица:
©Babskaya Evgeniya, 2005