Филогенетическое дерево и его реконструкция

Скобочная формула: ((А:85,В:85):15,(((Е:25,F:25):15,D:40):30,С:80):20);
Изображение:
Описание ветвей дерева, через разбиение:
```
ABCDEF
..****
****..
...***
```

Ген:
>M17891 M17891.1 E.coli cynS gene encoding cyanase, complete cds.
atgattcagtcacaaattaaccgcaatattcgtcttgatcttgccgatgccattttgctc
agcaaagctaaaaaagatctctcatttgccgagattgccgacggcaccggtctggcagaa
gcctttgtaaccgcggctttgctgggtcagcaggcgcttcctgccgacgccgcccgcctg
gtcggggcgaagctggatctcgacgaagactccattctactgttgcagatgattccactg
cgtggctgcattgatgaccgtattccaactgacccaacgatgtatcgtttctatgaaatg
ttgcaggtgtacggtacaaccctgaaagcgttggttcatgagaaatttggcgatggcatt
attagcgcgattaacttcaaactcgacgttaagaaagtggcggacccggaaggtggcgaa
cgtgcggtcatcaccttagatggtaaatatctgccgaccaaaccgttctga
Количество нуклеотидов: 471
С помощью формулы: (длина гена*(число мутаций на 100 нуклеотидов)/100), были рассчитаны значения, 
с помощью которых составлен скрипт:

msbar gene1.fasta AB.fasta -point 4 -count 71 -auto
msbar gene1.fasta CDEF.fasta -point 4 -count 94 -auto
msbar CDEF.fasta DEF.fasta -point 4 -count 141 -auto
msbar CDEF.fasta C.fasta -point 4 -count 377 -auto
msbar DEF.fasta EF.fasta -point 4 -count 71 -auto
msbar DEF.fasta D.fasta -point 4 -count 188 -auto
msbar AB.fasta A.fasta -point 4 -count 400 -auto
msbar AB.fasta B.fasta -point 4 -count 400 -auto
msbar EF.fasta E.fasta -point 4 -count 118 -auto
msbar EF.fasta F.fasta -point 4 -count 118 -auto
cat A.fasta >> Mutant.fasta  
cat B.fasta >> Mutant.fasta  
cat C.fasta >> Mutant.fasta  
cat D.fasta >> Mutant.fasta  
cat E.fasta >> Mutant.fasta  
cat F.fasta >> Mutant.fasta

Дерево, построенное по алгоритму максимального правдоподобия:




  +----------------------------------B         
  |  
  |                                        +----------F         
  |                                   +----4  
  |                 +-----------------3    +---------E         
  |                 |                 |  
  1-----------------2                 +-----------------D         
  |                 |  
  |                 +-------------------------------------C         
  |  
  +----------------------------------A         
По этому алгоритму, программой строится неукорененное дерево.
В данном случае, выданный результат - изображение дерева, несомненно схож с реальным деревом. 


Дерево, построенное по алгоритму Neighbor-joining:




  +-----------------B         
  ! 
  !           +-------------------C         
  1-----------2 
  !           !        +---------D         
  !           +--------3 
  !                    !  +----E         
  !                    +--4 
  !                       +----F         
  ! 
  +-----------------A         

По данному алгоритму также наблюдается большая схожесть с реальным деревом, причем, 
в данном случае практически совпадают пропорции длин ветвей.

Дерево, построенное по алгоритму UPGMA:



              +----------------------------------A         
  +-----------3 
  !           +----------------------------------B         
--5 
  !         +------------------------------------C         
  +---------4 
            !                   +----------------D         
            +-------------------2 
                                !      +---------E         
                                +------1 
                                       +---------F         


Дерево, построенное по этому алгоритму имеет важное отличие, а именно, наличие определенного корня. 
Причем важно заметить, что положение корня совпадает с таковым для реального дерева, да и само дерево совпадает
с реальным.

Топология всех деревьев одинакова.

Ветвь	Исходное дерево модели	Максимальное правдоподобие	Neighbor-joining	UPGMA
`ABCDEF`	Исходное дерево модели	Максимальное правдоподобие	Neighbor-joining	UPGMA
`..****`	+	+	+	+
`****..`	+	+	+	+
`...***`	+	+	+	+

Бутстреп-анализ:


DCFEBA
****..         100.00
*.**..         96.00
**..**         87.00
Высокие бутстреп-значения дают возможность предполагать высокую достоверность данных ветвей, 
которые совпадают с ветвями реального дерева.



Консенсусное дерево:


                +-------------C
         +-96.0-|
         |      |      +------B
         |      +100.0-|
  +------|             +------A
  |      |
  |      |             +------F
  |      +--------87.0-|
  |                    +------E
  |
  +---------------------------D
Дерево неукорененное.
Ветви, имеющие высокие бутсреп-значения присутствуют в реальном дереве, само консенсусное дерево совпадает с реальным.