1)Семейство доменов для анализа
| Характеристика | Информация |
|---|---|
| AC pfam | PF00844 |
| ID pfam | Geminivirus coat protein/nuclear export factor BR1 family |
| #SEED | 41 |
| #All | 11k |
| #SW | 48 |
| #architectures | 16 |
| #3D | 4 |
| Taxonomy | Примечание: абсолютное большинство белков домена - вирусные(10454) |
| #eukaryota | 35 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 0 |
Данное семейство включает в себя домен(конкретно первые 104 аминокислоты с N-конца) белка оболочки вируса полосатости кукурузы, связывающего ДНК. Также к семейству относятся белки-факторы ядерного экспорта, обеспечивающие движение геминивирусов(вирусы с одноцепочечной ДНК, поражают растения) внутри клетки(репликация ДНК вируса происходит внутри ядра, данные белки необходимы для выхода из ядра).
2)Описание выравнивание seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества
| Характеристика | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | Число последовательностей — 41, число колонок — 292 |
| МДБ-All | Отсутствует(проверено на проценте сходства 50%) |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 101:R, 146:D |
| МДБ-notAll | Колонки 146—149, последовательности 1—40 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 146:D, 149:P |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков | Как единственный такой участок(хотя не уверен, что это модно назвать блоком) можно выделить только одну колонку под номером 275 |
Если говорить о вероятной гомологии последовательностей, то выделялись две крупные группы по многим блокам и несколько выбивающихся последовательностей. Полностью совпадающих колонок было крайне мало, но во многих колонках были совпадения для абсолютного большинства последовательностей.
Данные группы представлены в отдельном проекте Jalview:
Группы3)Карта локального сходства двух белков
| Объект | Информация |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | Gemini_V2, Gemini_coat |
| Белок с архитектурой 1 | A0A2R3Z095 |
| Доменная архитектура 2 | Gemini_coat, Gemini_coat) |
| Белок с архитектурой 2 | A0A6P6FXC1 |
На карте локального сходства видно сходство участков примерно 117-136 для первого и 175-195 для второго белка(судя по всему выровнялись части доменов Gemini_coat), также обнаружено сходство на небольших участках около N-концов(видимо, у Gemini_V2 и Gemini_coat есть схожий участок).
