ОТЧЁТ ПО ПРАКТИКУМУ
Структура в целом:
1)В структуре представлена HIV1-интеграза в комплексе с ингибитором STP03-0404, связанным с каталитическим доменом. Общий вид структуры изображен с двух сторон
2)В структуре присутствует одна цепь(обозначена, соответственно, A)
3)Биологическая единица представляет из себя димер цепи А, в отличие от ассиметрической единицы(мономера). Ассиметрическая и биологическая единицы отображены ниже
Отдельные цепи
Далее все будет рассмотрено для цепи A как для единственной цепи в структуре
1)Данная цепь принадлежит ВИЧ-1(HIV-1)
2)Данная цепь изначально транслируется в составе Gag-Pol полипротеина, разрезаемого на несколько фрагментов(включая интегразу) в ходе созревания. Интеграза обеспечивает встраивание генома ВИЧ в геном человека, действуя обычно в составе гомотетрамера. Uniprot ID Gag-Pol полипротеина - P12497. Идентификатор интегразы(как части полипротеина) - PRO_0000042402.
3)В цепи пристствует одна мутация относительно референса из Uniprot(замена фенилаланина на гистидин в 139 позиции)
4)В цепи присутствуют модифицированные остатки - S-метиларсионил-цистеины(цепь A, позиции 19 и 84)
5)Окраска белка по типу вторичной структуры. Красным обозначены альфа-спирали, синим — бета-слои, зеленым — остальные части белка. У лиганда сохранена изначальная окраска по элементам.
Малые молекулы
1)В структуре присутствуют молекула лиганда STP03-0404 ((2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,3,6-trimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid) (короткое обозначение - WBV) и молекулы воды(короткое обозначение - HOH)
2)Строки pdb-файла, соответствующие лиганду: лиганд
3)Аминокислотное окружение лиганда приведено на изображениях ниже
4)STP03-0404 является аллостерическим нгибитором интегразы и вызывает ненормальную олигомеризацию интегразы, что препятствует её взаимодействию с вирусной РНК и мешает правильному расположению генома в ходе созревания вируса.