В этом практикуме были найдены примеры различных взаимодействий между аминокислотными остатками в ассиметрической единице интегразы HIV-1 в комлпексе с лигандом WBV.
1)Найдены примеры водородной связи между атомами в основном листе, а именно связи в бета-листе.
2)Найден пример водородной связи между атомами боковых радикалов, а именно между азотом радикала HIS-67 и кислородом GLU-92(не солевой мостик так как структура получена при pH = 6.5, то значит гистидин не заряжен).
3)Найден пример солевого мостика, а именно связь между азотом бокового радикала LYS-103 и кислородом бокового радикала GLU-87.
4)В структуре отсутствуют дисульфидные мостики. В ней существует только два модифицированных остатка цистеина(CAF-65 и CAF-130), не связанных между собой. Модификация данных остатков в S-диметиларсиноил-цистеины, к тому же, делает принципиально невозмодным их связывание(добавленная группа связывается с -SH - группой и делает невозможным образование дисульфидного мостика).
5)В структуре найден пример стекинга, а именно связь между ароматическими боковыми радикалами TYR-83 и TRP-108.
