Бактерия Teridinibacter purpureus, которую я исследовал в мини-обзоре, к сожалению не имеет протеома в UniProt Proteomes. Но был доступен протеом Teridinibacter turnerae(UP000009080), который к тому же является референсным. Его я и выбрал для анализа. Это симбиотическая целлюлозоразлагающая бактерия, обитающая в жабрах корабельного червя Lyrodus pedicellatus.
Как контрольный протеом был выбран протеом морской бактерии Saccharophagus degradans(UP000001947). Данная бактерия обитает в соленых маршах, но не является симбионтом, и может разлагать большой спектр полисахаридов(вклюая и целлюлозу).
Данные протеомов:
Teridinibacter turnerae: UP000009080, 4249 белков всего, 251 в Swiss-prot
Saccharophagus degradans: UP000001947, 3999 белков всего, 385 в Swiss-prot
Оба протеома получены с помощью стандартных средств сайта UniProt.
Сравнение протеомов по представленности групп белков:
1)Трансмембранные белки
У Teridinibacter turnerae обнаружено 830 трансмембранных белков. У Saccharophagus degradans обнаружено 858 трансмембранных белков.
Подсчёт произведен с помощью расширенного поиска, запросы (proteome:UP000009080) AND (ft_transmem:*) и (proteome:UP000001947) AND (ft_transmem:*)
2)Ферменты
У Teridinibacter turnerae обнаружено 1028 ферментов. У Saccharophagus degradans обнаружено 936 ферментов.
Подсчёт произведен с помощью расширенного поиска, запросы (proteome:UP000009080) AND (ec:*) и (proteome:UP000001947) AND (ec:*)
3)Эндо-1,4-бета-ксиланазы
Были сравнены количества эндо-1,4-бета-ксиланаз в двух бактериях. У Teridinibacter turnerae было обнаружено 15 таких ферментов, тогда как у Saccharophagus degradans 5 таких ферментов. Несколько большее количество эндо-1б4-бета-ксиланаз можно связать с разными пищевыми субстратами, обрабатываемыми ферментами этих бактерий.
Сравнение протеомов с использованием файлов:
Мной были сравнены с помощью скрипта на Python количества записей о белках, так или иначе связанных с транспортом через мембрану, чтобы проверить, повлиял ли на количество транспортирующих вещества через мембрану белков симбиотический образ жизни Teridinibacter turnerae. Результаты это опровергли: по ключевому слову 'transloc' обнаружено 43 записи у Teridinibacter purpureus и 44 записи у Saccharophagus degradans. Вероятно системы переноса белков и прочих веществ через мембрану не потребовали сильного изменения при переходе к симбиотическому образу жизни, так как Saccharophagus(и, если предполагать из описания образов жизни, другие представители Cellvibrionacea) достаточно много экскретируют белки, разлагающие вещества из окружающего субстрата.
Ссылка_на_скрипт