1)Глобальное выравнивание
Было произведено глобальное выравнивание белков GLYA, QUEE и GLCD для ECOLI и BASCU. Результаты представлены в таблице 1.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Serine hydroxymethyltransferase | GLYA_ECOLI | GLYA_BACSU | 1248.0 | 56.4 | 71.8 | 12 | 4 |
| 7-carboxy-7-deazaguanine synthase | QUEE_ECOLI | QUEE_BACSU | 184.0 | 19.1 | 32.2 | 130 | 15 |
| Glycolate oxidase subunit GlcD | GLCD_ECOLI | GLCD_BACSU | 804.0 | 33.4 | 48.9 | 73 | 6 |
2)Локальное выравнивание
Было произведено локальное выравнивание белков GLYA, QUEE и GLCD для ECOLI и BASCU. Результаты представлены в таблице 2.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Serine hydroxymethyltransferase | GLYA_ECOLI | GLYA_BACSU | 1253.0 | 58.6 | 74.1 | 4 | 2 | 97.1% | 97.1% |
| 7-carboxy-7-deazaguanine synthase | QUEE_ECOLI | QUEE_BACSU | 191.5 | 25.7 | 43.2 | 56 | 11 | 86.5% | 67.1% |
| Glycolate oxidase subunit GlcD | GLCD_ECOLI | GLCD_BACSU | 825.0 | 39.3 | 57.2 | 1 | 1 | 85.6% | 91.1% |
3)Глобальное и локальное выравнивания разных белков
Были произведены глобальное и локальное выравнивания белков GLCD_ECOLI и GLYA_BACSU. Результаты представлены в таблицах 3 и 4 соответственно.
| ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|
| GLCD_ECOLI | GLYA_BACSU | 31.0 | 8.6 | 12.8 | 512 | 17/td> |
| ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| GLCD_ECOLI | GLYA_BACSU | 46.5 | 29.6 | 43.2 | 12 | 5 | 16.2% | 16.6% |
|---|
Можно заметить, что данные белки довольно сильно не схожи, но локальное выравнивание показывает несколько большую схожесть, чем глобальное. Вероятно это обуславливается непосредственно алгоритмом локального выравнивания, не штрафующего гэпы до первого и после последнего совпадения.
4)Множественное выравнивание
Для мнемоники GLYA(рекомендованное полное имя - Serine hydroxymethyltransferase) были выбраны 5 белков из Swiss-Prot(всего найдено 725 таких белков). Было построено множественное выравнивание этих белков(GLYA_METJA, GLYA_HYDDT, GLYA_METBF, GLYA_PLAF7, GLYA_CHLAA).
Выровненные последовательности, раскрашенные по проценту идентичности, отображены в проекте Jalview по ссылке:
ПроектВ белках было найдено много участков с высоким сходством, но встречались и довольно крупные индели, при этом вставки(либо сохранившиеся изначальные участки, что неизвестно) чаще всего встречались у GLYA_METJA и GLYA_PLAF7.