УЧЕБНЫЙ САЙТ АРТЕМА МУРАВЛЕВА

Практикум 9

1)Глобальное выравнивание

Было произведено глобальное выравнивание белков GLYA, QUEE и GLCD для ECOLI и BASCU. Результаты представлены в таблице 1.

Таблица 1. Глобальное выравнивание трех пар белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Serine hydroxymethyltransferase GLYA_ECOLI GLYA_BACSU 1248.0 56.4 71.8 12 4
7-carboxy-7-deazaguanine synthase QUEE_ECOLI QUEE_BACSU 184.0 19.1 32.2 130 15
Glycolate oxidase subunit GlcD GLCD_ECOLI GLCD_BACSU 804.0 33.4 48.9 73 6

2)Локальное выравнивание

Было произведено локальное выравнивание белков GLYA, QUEE и GLCD для ECOLI и BASCU. Результаты представлены в таблице 2.

Таблица 2. Локальное выравнивание трех пар белков
Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Serine hydroxymethyltransferase GLYA_ECOLI GLYA_BACSU 1253.0 58.6 74.1 4 2 97.1% 97.1%
7-carboxy-7-deazaguanine synthase QUEE_ECOLI QUEE_BACSU 191.5 25.7 43.2 56 11 86.5% 67.1%
Glycolate oxidase subunit GlcD GLCD_ECOLI GLCD_BACSU 825.0 39.3 57.2 1 1 85.6% 91.1%

3)Глобальное и локальное выравнивания разных белков

Были произведены глобальное и локальное выравнивания белков GLCD_ECOLI и GLYA_BACSU. Результаты представлены в таблицах 3 и 4 соответственно.

Таблица 3. Глобальное выравнивание неродственных белков
ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
GLCD_ECOLI GLYA_BACSU 31.0 8.6 12.8 512 17/td>
Таблица 4. Локальное выравнивание неродственных белков
ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
GLCD_ECOLI GLYA_BACSU 46.5 29.6 43.2 12 5 16.2% 16.6%

Можно заметить, что данные белки довольно сильно не схожи, но локальное выравнивание показывает несколько большую схожесть, чем глобальное. Вероятно это обуславливается непосредственно алгоритмом локального выравнивания, не штрафующего гэпы до первого и после последнего совпадения.

4)Множественное выравнивание

Для мнемоники GLYA(рекомендованное полное имя - Serine hydroxymethyltransferase) были выбраны 5 белков из Swiss-Prot(всего найдено 725 таких белков). Было построено множественное выравнивание этих белков(GLYA_METJA, GLYA_HYDDT, GLYA_METBF, GLYA_PLAF7, GLYA_CHLAA).

Выровненные последовательности, раскрашенные по проценту идентичности, отображены в проекте Jalview по ссылке:

Проект

В белках было найдено много участков с высоким сходством, но встречались и довольно крупные индели, при этом вставки(либо сохранившиеся изначальные участки, что неизвестно) чаще всего встречались у GLYA_METJA и GLYA_PLAF7.