Для выравнивания мной были выбрали кольцевые хромосомы бактерий Teridinibacter_purpureus(NZ_CP060092.1) и Teridinibacter_turnerae(NZ_CP149817.1), которые являются внутриклеточными симбионтами корабельных червей (Bankia setacea и Lyrodus pedicellatus соответственно), выделяющими ферменты, разлагающие древесину. Этих бактерий я выбрал, так как уже работал с ними в других практикумах.
Между собой сравнивались результаты выравниваний с помощью обычного blastn(Рис.1) и megablast(Рис.2). Использовались параметры по умолчанию.
В общем и целом, графики выравниваний были достаточно похожи, на них обоих улавливались аналогичные различия между хромосомами, но покрытие megablast было куда меньше, чем blastn(3% против 37%), так как megablast предназначен для выравнивания очень похожих последовательностей.
Конкретные различия(представлены на Рис.3(blastn) и Рис.4(megablast), обозначены разными цветами). В результатах работы megablast можно заметить часть различий, обнаруженных с помощью blastn, хотя и это выравнивание куда менее информативно.
По графикам можно заметить, что исследуемые цепи не комплементарны.
Обнаруженные различия:
1)Разные сайты разрезания кольцевых хромосом(синий пунктир)
2)Два относительно крупных неконсервативных участка либо гэпа в выравнивании(зеленый)
3)Две транспозиции без инверсий(красный)
4)Инверсия(фиолетовый)
5)Дупликация в одной хромосоме(голубой)
6)3 инсерции в NZ_CP149817.1 / делеции в NZ_CP060092.1(возможно только 2, самая левая на графике видна с трудом)(желтый)
Подводя итоги, можно сказать, что хотя данные бактерии принадлежат к одному роду и ведут схожий образ жизни, их хромосомы, хоть и похожи, содержат достаточно большое количество отличий.
