Задание 1
Были построены модели A,B и Z-формы ДНК с последовательностью одной из цепей в виде пяти повторов "GATC".
A-форма B-форма Z-формаЗадание 2
Были проанализирована струтуры ДНК из приведенных трех файлов. Результаты представлены в таблице 1.
| Тип спирали | Шаг спирали (Å) | Число оснований на виток | Ширина большой бороздки | Ширина малой бороздки | |
|---|---|---|---|---|---|
| A-форма | Левая | 11 | 28.0 | 8.0 ангстрем(между атомами фосфора DG-9 и DA-26) | 17.0 ангстрем(между атомами фосфора DG-33 и DT-11) |
| B-форма | Правая | 10 | 33.8 | 17.2 ангстрем(между атомами фосфора DC-32 и DA-6) | 11.7 ангстрем(между атомами фосфора DC-32 и DG-13) |
| Z-форма | Левая | Невозможно измерить(маленький фрагмент) | Невозможно измерить(маленький фрагмент) | Невозможно измерить(маленький фрагмент) | Невозможно измерить(маленький фрагмент) |
Также был проанализирован остаток цитозина из остатка цитидина с номером 32. В большую бороздку обращены атомы c4, c5, c6, n8. В малую бороздку обращены атомы c2, o7.
Задание 3
В данном задании была проанализирована с помощью пакета 3DNA структура тРНК из PDBbank с идентификатором 1g59.
Результаты:
Результаты_анализаКоординаты стеблей: [1-7:72-66](акцепторный стебель), [49-53:65-61](T-стебель), [38-44:32-26](антикодоновый стебель), [10-13:25-22](D-стебель)
Неканонические пары оснований(9): [2:71], [54:58], [55:17], [32:38], [44:26], [13:22], [8:46], [14:21], [15:48]
Водородные связи вне стеблей: [54:58], [55:17], [8:46], [14:21], [15:48], [18:56], [19:56]