УЧЕБНЫЙ САЙТ АРТЕМА МУРАВЛЕВА

Задание 1

Была проанализирована структура тРНК из PDBbank с идентификатором 1g59. Для данной тРНК было получено описание вторичной структуры с помощью пакета 3DNA. Также с помощью программ einverted из пакета EMBOSS и RNAfold из пакета ViennaRNA была предсказана вторичная структура этой тРНК по ее последовательности. Результаты сравнения трех этих структур представлены в таблице 1.

Примечание: результаты работы einverted полностью не совпали с реальной структурой.

Таблица 1. Сравнение реальной и предсказанных(einverted и RNAfold) структур тРНК из файла 1g59.pdb

Особенность структуры	Реальная структура	Предсказание einverted	Предсказание RNAfold
Акцепторный стебель	[1-7:72-66]	-	[1-7:71-65]
T-стебель	[49-53:65-61]	-	[48-52:64-60]
Антикодоновый стебель	[26-32:44-38]	-	[27-31:43-39]
D-стебель	[10-13:25-22]	-	[9-13:26-22]
Общее число канонических пар нуклеотидов	20	17	20

1g59.pdb Последовательность_тРНК Описание_вторичной_структуры(результат_работы_программы_analyze_из_пакета_3DNA) Результат_работы_einverted Результат_работы_RNAfold

Задание 2

В данном задании исследуется ДНК-белковый комплекс 1ddn.pdb

1)Сделан скрипт, определяющий необходимые множества и создающий требуемые изображения.

2)Контакты ДНК и цепей D, E, F белка в структуре описаны в таблице 2.

Таблица 2. Описание контактов ДНК и белка в структуре 1ddn.pdb

Контакты атомов белка с...	Полярные	Неполярные	Всего
Остатками 2'-дезоксирибозы	4	24	28
Остатками фосфорной кислоты	34	20	54
Остатками АО большой бороздки	5	27	32
Остатками АО малой бороздки	0	0	0

Как видно из таблицы, контактов с остатками фосфорной кислоты довольно много, тогда как с атомами АО малой бороздки белок вообще не связывается.

3)С помощью программы nucplot получен файл с визуализацией контактов между ДНК и белком.

4)Наибольшее число водородных связей(2) с ДНК образует аминокислота Gln43(C)(цепь C по авторскому наименованию, также обозначается как E).

Наиболее важной для связывания ДНК, по моему мнению, является аминокислота Arg60, которая довольно глубоко внедряется в малую бороздку, связываясь там с фосфатом либо же с остатком дезоксирибозы, и присутствует во всех цепях(в выдаче nucplot почему-то не указан Arg60 для цепи B(она же цепь D в других обозначениях), но при этом комплекс симметричен, в этой цепи присустствует Arg60 и он так же внедряется в малую бороздку).