Задание 1. Белок с бета-листами
Для этого задания я выбрал человеческий белок газдермин D(Gasdermin D)(точнее пору, образуемую 27 мономерами, собирающимися в бета-бочонок). Идентификаторы: PDB – 8gtn, UNIPROT – GSDMB_HUMAN. Характеристика(вырезал из информации из OPM не очень нужное): Type: Transmembrane; Class: Beta-barrel transmembrane; Superfamily: Gasdermin 1.C.123 (TCDB) PF04598; Family: Gasdermin 1.C.123 (TCDB) PF04598 IPR040460 PDBsum; Species: Homo sapiens; Localization: Secreted
Это трансмембранный(в мембране клетки) белок. Мономеры вместе образуют большой бета-бочонок. Известно про его функцию не очень много, но, как я понял, он вероятно связан с пироптозом(участвует в его сигнальных путях, расщепляется гранзимами).
Привожу трансмембранные участки по данным OPM(для одного мономера, для всех 27 результаты одинаковые): 1( 94- 98), 2( 105- 110)
Далее я искал трансмембранные участки с помощью DeepTMHMM. Для этого я скачал последовательность белка(мономера) в формате fasta из PDB. Далее я загрузил этот файл в DeepTMHMM.
Привожу файл с предсказанными трансмембранными участками. Также они отображены на графике(Рис.2). Тут получилось совсем неудачно, ни одного трансмембранного участка не нашлось. Возможно, к неудаче привело то, что это довольно специфичный короткий мономер с короткими трансмембранными участками.
Задание 2. Белок с альфа-спиралями
Для этого задания мне был выделен белок с идентификатором PDB 5da0. Для начала нашел его в OPM. Характеристика(вырезал из информации из OPM не очень нужное): Type: Transmembrane; Class: Alpha-helical polytopic; Superfamily: APC (Amino acid-Polyamine-organoCation) superfamily (14 families) CL0062; Family: Sulfate permease 2.A.53 (TCDB) PF00916 IPR011547 PDBsum; Species: Deinococcus radiodurans; Localization: Bacterial Gram-negative inner membrane); Идентификатор Uniprot: Q1J2S8_DEIGD. То есть это трансмембранный белок с альфа-спиралями из Deinococcus radiodurans, сидящий в его внутренней мембране. Это субъединица A вторичного фумаратного транспортера(название в бд – Fumarate transporter)(транспортировка фумарата спарена с переносом протона) из группы сульфатпермеаз(вопреки названию, могут работать в основном не с сульфатом, а например перемещать другие анионы).
Привожу трансмембранные участки по данным OPM: 1( 24- 46), 2( 50- 67), 3( 80- 89), 4( 96- 114), 5( 126- 147), 6( 152- 171), 7( 177- 191), 8( 223- 245), 9( 260- 276),10(284-291), 11( 299- 316),12( 325- 340),13( 353- 369),14( 372- 389)
Далее я провел поиск трансмембранных участков с помощью DeepTMHMM. Последовательность белка скачал из PDB(в структуре еще было антитело, его последовательность удалил руками) и загрузил в DeepTMHMM.
Привожу файл с предсказанными трансмембранными участками. Также они отображены на графике(Рис.4). Сразу видим, что было найдено только 12 трансмембранных альфа-спиралей(по данным OPM их 14). Координаты найденных участков похожи на координаты участков из OPM(с небольшими погрешностями), но 247-301 указан как участок как внутри мембраны, а по OPM там находятся две трансмембранные альфа-спирали(с номерами 9 и 10). Как раз их, видимо, алгоритм и пропустил.
