Нуклеотидные банки данных
1 Описание сборки генома эукариотического организма
Для дальнейшей работы был выбран геном пекарских дрожжей (Saccharomyces cerevisiae). Это известный модельный организм из отдела сумчатых грибов (Ascomycota). На примере данного организма можно изучать многие процессы свойственные эукариотам. S. cerevisiae являются факультативными анаэробами, что позволяет исследовать на этом организме дисфункцию митохондрий. Примечательно, что пекарские дрожжи — первый эукариотический организм, чей геном был полностью секвенирован. Геном S. cerevisiae представлен 16 хромосомами и мтДНК.
По запросу "Saccharomyces cerevisiae (baker's yeast)" было найдено 1 057 различных сборок, из них 10 являются полногеномными. В соответствии с информацией из файла README_assembly_summary.txt это означает, что все хромосомы без промежутков и не имеют ни одной серии из 10 или более неоднозначных оснований (N), нет неразмещенных или нелокализованных скафолдов и все ожидаемые хромосомы присутствуют (т. е. сборка не отмечена как имеющая частичное представление генома). Плазмиды и ДНК органелл могут быть или не быть включенным в сборку, но если присутствуют, то последовательности не имеют пропусков. Данная сборка является референсной, т. е. отобранной вручную высококачественной сборкой генома, которую определелили в качестве стандарта, с которыми сравниваются другие данные.
Характеристики выбранной сборки:
Название сборки:
АС (GenBank):
АС (RefSeq):
Длина последовательности:
Число хромосом:
Число скэффолдов:
Скэффолд N50:
Скэффолд L50:
Число контигов:
Контиг N50:
Контиг L50:
Содержание GC:
Уровень сборки:
R64
GCA_000146045.2
GCF_000146045.2
12.1 Mb
16
16
924.4 kb
6
16
924.4 kb
6
38%
Complete Genome
Параметр N50 равен длине контига (скэффолда), для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах (скэффолдах) такой и большей длины. Параметр L50 равен наименьшему числу контигов (скэффолдов), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки.
2 Дополнительные задания
| Имя файла | Содержание файла |
|---|---|
| GCF_000146045.2_R64_assembly_report.txt | информация о сборке (организм, геном, сведения о последовательностях) |
| GCF_000146045.2_R64_assembly_stats.txt | статистика сборки (длина, длина без гэпов, количество контигов и скэффолдов, contig-N50, scaffold-L50, scaffold-N50, scaffold-N75, и scaffold-N90) |
| GCF_000146045.2_R64_cds_from_genomic.fna | кодирующие последовательности, предсказанные на основе генома |
| GCF_000146045.2_R64_feature_count.txt | статистика особенностей генома на основе GCF_000146045.2_feature_table.txt. |
| GCF_000146045.2_R64_feature_table.txt | таблица особенностей генома |
| GCF_000146045.2_R64_genomic.fna | нуклеотидные последовательности генома |
| GCF_000146045.2_R64_genomic.gbff | последовательности генома с аннотацией |
| GCF_000146045.2_R64_genomic.gff | аннотации последовательностей генома |
| GCF_000146045.2_R64_genomic.gtf | аннотации последовательностей генома |
| GCF_000146045.2_R64_protein.faa | последовательности белков |
| GCF_000146045.2_R64_protein.gpff | белки с ссылками на источники аннотации |
| GCF_000146045.2_R64_rna.fna | последовательности РНК |
| GCF_000146045.2_R64_rna.gbff | РНК с ссылками на источники аннотации |
| GCF_000146045.2_R64_rna_from_genomic.fna | РНК, предсказанные на основе генома |
| GCF_000146045.2_R64_translated_cds.faa | автоматическая трансляция белков из GCF_000146045.2_cds_from_genomic.fna |
Среди последовательностей представленных в файле *_cds_from_genomic.fna была найдена единственная последовательность с нестандартным старт-кодоном ATA. Это ген AI5_BETA, который кодирует гипотетическую ДНК-эндонуклеазу AI5β.[2]
На основе информации из файла *_assembly_report.txt построен график, показывающий убывание длины каждого фрагмента генома. На графике отмечена точка, отвечающая контигу, на который указывают величины N50 и L50. Также из этого файла получена информация о наличии в сборке генома митохондрий.
Характеристики генома митохондрий:
Идентификатор записи (ACCESSION):
Тип органеллы:
Число кодирующих последовательностей (CDS):
Число генов рРНК:
Число генов тРНК:
Число генов других нкРНК:
Число псевдогенов:
GCF_000189485.1
митохондрия
19
2
24
1
0
Некодирующая РНК RPM1 является частью комплекса митохондриальной РНКазы P, отвечает за процессинг 5’-конца тРНК.[3]