Entrez Direct, BLAST+, EMBOSS

1 Упражнения по EMBOSS

Были выбраны упражнения 2, 4, 8, 11 и 13. Соответствующие команды записаны в текстовый файл

/home/students/y21/murgeo13/term3/pr9/emboss.txt

2 Работа с Entrez Direct

Сценарий bash с тремя конвейерами записан в файл

/home/students/y21/murgeo13/term3/pr9/edirect.sh

В результате тестового запуска сценария со следующими аргументами:

./edirect.sh "NC_022094.1" "GCA_003604245.1"

получена выдача в STOUT:

2022931 46102

и созданы файлы NC_022094.1.json и NC_022094.1_proteins.fasta в текущей директории.