Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Для дальнешей работы были отобраны семь бактерий со следующими мнемониками:

Arthrobacter sp.

Leifsonia xyli

Mycobacterium leprae

Mycobacterium tuberculosis

Mycolicibacterium vanbaalenii

Rubrobacter xylanophilus

Streptomyces avermitilis

ARTS2

LEIXX

MYCLE

MYCTU

MYCVP

RUBXD

STRAW

Скобочная формула дерева

(((STRAW, (ARTS2, LEIXX)), (MYCVP, (MYCLE, MYCTU))), RUBXD)

Изображение дерева

На основании скобочной формулы с использованием сервиса iTOL получено следующее изображение:

Рис. 1

Ветви дерева

Данное дерево содержит следующие нетривиальные ветви:

  • {MYCVP, MYCLE, MYCTU} против {STRAW, ARTS2, LEIXX, RUBXD}
  • {STRAW, ARTS2, LEIXX} против {MYCVP, MYCLE, MYCTU, RUBXD}
  • {MYCLE, MYCTU} против {STRAW, ARTS2, LEIXX, MYCVP, RUBXD}
  • {ARTS2, LEIXX} против {STRAW, MYCVP, MYCLE, MYCTU, RUBXD}

Таксономия

Для отобраных бактерий с сайта NCBI была взята таксономия.

Мнемоника Надцарство Клада Отдел Класс Порядок Семейство Род
ARTS2 Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Micrococcales Micrococcaceae Arthrobacter
LEIXX Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Micrococcales Microbacteriaceae Leifsonia
MYCLE Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Mycobacteriaceae Mycobacterium
MYCTU Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Mycobacteriaceae Mycobacterium
MYCVP Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Mycobacteriales Mycobacteriaceae Mycolicibacterium
RUBXD Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Rubrobacteria Rubrobacterales Rubrobacteraceae Rubrobacter
STRAW Bacteria Terrabacteria group Actinomycetota Actinomycetes Kitasatosporales Streptomycetaceae Streptomyces

Из нетривиальных ветвей дерева ветвь {MYCLE, MYCTU} соответствует роду Mycobacterium, ветвь {MYCLE, MYCTU, MYCVP} соответствует порядку Mycobacteriales, ветвь {ARTS2, LEIXX} соответствует порядку Micrococcales.