PyMOL

АХТУНГ!!! Сессии PyMol являются слишком тяжелыми файлами, поэтому они хранятся в архиве и будут удалены с кодомо 25 декабря 2024 года. pse.zip

Взаимодействие лиганда с белком

В данной части практикума изучалось взаимодействие антигенсвязывающего фрагмента иммуноглобуллина G1 c его антигеном – (4‑гидрокси‑3‑нитрофенил)ацетатом. Изучаемая структура (1NGP) получена в результате рентгенструктурного анализа и имеет разрешение 2.40 Å. Структура представлена лёгкой λ‑цепью (L) и тяжёлой γ‑цепью (H). Сессия PyMOL доступна по ссылке.

Рис. 1
Рис. 1. Структурная формула лиганда.

Лиганд удерживается в кармане связывания за счёт

  • стэкинга, в котором участвуют остатки Tyr101H, Trp33H, Trp93L;
  • водородных связей с Lys59H и с карбоксильной группой Tyr101 через молекулу воды;
  • ионного взаимодействия с His35H и/или Arg50H.
Рис. 2
Рис. 2. Взаимодействие лиганда и белка. Цветами обозначены: стэкинг, водородные связи, ионные связи.

Визуализация электронной плотности

Так как для структуры 1NGP отсутствуют файлы электронной плотности в этой части практикума использована структура 3SG0. Для отображения электронной плотности был установлен уровень подрезки 1. И лиганд, и окружающие его остатки покрыты одинаково хорошо.

Рис. 3
Рис. 3. Покрытие ЭП в районе лиганда и окружающих его остатков