Альтернативные положения, B-фактор, кристалл

АХТУНГ!!! Сессии PyMol являются слишком тяжелыми файлами, поэтому они хранятся в архиве и будут удалены с кодомо 25 декабря 2024 года. pse.zip

Альтернативные положения

В данной части практикума сравнивались две альтернативные конформации остатка ARG35 в структуре 6NNR. Аргинин является положительно заряженным остатком, причём заряд делокализован. Это означает, что заряженным может быть любой из трёх азотов, а эффективный заряд расположен на C_ζ-атоме. Этот заряд стабилизируется отрицательным зарядом остатка ASP198. Исходя из расстояний между этими остатками (рис. 1) можно предполагать, что конформация A более стабильна. Действительно населённость данной конформации состовляет 0,64.

Рис. 1 A — **Рис. 1.** Две альтернативные конформации остатка ARG35 в структуре 6NNR.

Рис. 1 B — **Рис. 1.** Две альтернативные конформации остатка ARG35 в структуре 6NNR.

B-фактор

В данной части практикума производилась покраска молекулы по значению B-фактора. Атомы с низким B-фактором покрашены синим, атомы с высоким – красным (рис. 2). Этот параметр характеризует степень неопределённости положения атома, вызванного как их подвижностью, так и неоднородностью кристалла. По рисунку видно, что атомы свободных петель на поверхности белка обладают большим значением B-фактора (то есть большей подвижностью), а атомы расположенные внутри глобулы обладают меньшей подвижность. Также для остатка ARG243, характеризующегося значительным увеличением значения B-фактора по мере отдаления от остова, была построена электронная плотность на разных уровнях подрезки (рис. 3). Видно, что атомы обладающие большим значением B-фактора хуже покрыты электронной плотностью. Это в очередной раз говорит о высокой подвижности этих атомов.

**Рис. 2.** Остов белка с покраской по B-фактору.

Рис. 3 0.25 — **Рис. 3.** Электронная плотность остатка ARG243 с уровнями подрезки 0,25, 0,5, 1 и 2 соответственно.

Рис. 3 1 — **Рис. 3.** Электронная плотность остатка ARG243 с уровнями подрезки 0,25, 0,5, 1 и 2 соответственно.

Соседи

В данной части практикума для молекулы белка были построены соседние молекулы в кристалле (рис. 4). Согласно сведениям из pdb-файла кристалл имеет примитивную кристаллическую решётку (P) и винтовую ось 6₃. На рисунке действительно можно наблюдать и трансляционную симметрию и сдвиг с поворотом. Всего у центральной молекулы 8 соседей, но я не смог найти такой ракурс, где соседи не перекрывают друг друга, однако они доступны в сессии PyMOL по ссылке: 6NNR.pse.