Протонирование

В данной части практикума было выполнено предсказание протонирования с помощью алгоритма PROPKA для структуры 7O0A, полученной при pH 4. С помощью сервиса PDB2PQR получена структура с протонами 8ry55iodve.pqr и log-файл, содержащий таблицу предсказанных значений pK_a (8ry55iodve.log). Для дальнейшей работы выбраны остатки HIS285 и ASP283 с предсказанными pK_a 7,34 и 6,41 соответственно. Предсказание для остатка HIS285 выглядит вполне адекватно, т.к. протонированный гистидин обладает положительным зарядом, который стабилизируется рядом расположенным отрицательным зарядом депротонированного глутамата (рис. 1). А вот положение протона, предсказанное для ASP283, мне кажется сомнительным, потому что предсказанный протон направлен на аминогруппу остова, но нам известно, что азот остова не может быть акцептором водородной связи. Мне кажется более вероятным, что водород будет направлен в сторону кислорода остатка THR323, который в свою очередь тоже донирует водородную связь на кислород карбоксильной группы PHE320. При этом второй кислород остатка ASP283 естественно будет находится в sp₂-гибридизации и депротонирован, являясь при этом акцептором водородной связи от аминогруппы GLN319 (рис. 2).