---

Комплексы ДНК-белок

---

Задание 1

С помощью einverted при параметрах -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout находится всего 1 стебель – акцепторный – на тех же позициях, что были получены с помощью find_pair. При понижении значения treshold вплоть до 0 получается тот же результат. При изменении других параметров программа выдаёт позиции, сильно отличающиеся от результатов find_pair, в некоторых случаях получается 5 стеблей.

С помощью алгоритма Зукера была получена следующая картина:

Полученная структура внешне выглядит как реальная, и позиции стеблей, хоть и не полностью, но почти совпадают с позициями, полученными с помощью find_pair

Задание 2

Упр. 1

Скрипт-файл с определениями множеств атомов set1, set2 и set3

Скрипт-файл, вызов которого в PyMol даст последовательное изображение ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.

Упр. 2

Группы атомов, которые необходимо выбрать:

• Полярные атомы в остатках 2'-дезоксирибозы: set1
• Неполярные атомы в остатках 2'-дезоксирибозы: C*'
• Полярные атомы в остатках фосфорной кислоты: set2
• Неполярные атомы в остатках фосфорной кислоты: P на сегментах A и B
• Полярные атомы в белке: O и N на цепи H
• Неполярные атомы в белке: C, P и S на цепи H

Далее нужно было определить какие атомы со стороны малой бороздки, а какие – со стороны большой. Посмотрев на структуру, можно заметить, что у пуринов в сторону большой бороздки смотрят атомы N7, O6, C6, C5, C8, в сторону малой – C2, N2, N3, N4. У пиримидинов в сторону большой бороздки обращены атомы C7, C6, C4, O4, C5 и N4, а в сторону малой – O2, C2 и N1

Скрипт для нахождения контактов

Больше всего контактов обнаруживается с атомами остатков азотистых оснований со стороны большой бороздки, чуть меньше контактов с атомами остатков фосфорной кислоты. Что интересно, полностью отсутствуют контакты с атомами остатков азотистых оснований со стороны малой бороздки

Упр. 3

Упр. 4

На изображениях, полученных с помощью nucplot представлены контакты со всеми цепями белка. На цепи H имеется два остатка с наибольшим количеством контактов – Glu399 и Thr397. Их по 3. Однако они оба напрямую не взаимодеюствуют с ДНК, а координируют молекулы воды.

С азотистыми основаниями на цепи H напрямую взаимодеюствуют только два остатка – Gln414 и Arg409. Длина связи у них одинаковая, так что можно предположить, что они оба могут быть важны для определения последовательности ДНК.