Онлайн BLAST

Задание 1. Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности.

Для выполнения данного задания был взят фрагмент номер 44 из списка. Данная последовательность принадлежит организму Nanoarchaeum equitans.

• AC: NC_005213.1
• Координаты: 1145-1444

Последовательность не является кодирующей.

Задание 2. Поиск гомолога белка человека в слоне.

В качестве примера был взят белок LAR4B_HUMAN. Его последовательность:

>sp|Q92615|LAR4B_HUMAN La-related protein 4B OS=Homo sapiens GN=LARP4B PE=1 SV=3
MTSDQDAKVVAEPQTQRVQEGKDSAHLMNGPISQTTSQTSSIPPLSQVPATKVSELNPNA
EVWGAPVLHLEASSAADGVSAAWEEVAGHHADRGPQGSDANGDGDQGHENAALPDPQESD
PADMNALALGPSEYDSLPENSETGGNESQPDSQEDPREVLKKTLEFCLSRENLASDMYLI
SQMDSDQYVPITTVANLDHIKKLSTDVDLIVEVLRSLPLVQVDEKGEKVRPNQNRCIVIL
REISESTPVEEVEALFKGDNLPKFINCEFAYNDNWFITFETEADAQQAYKYLREEVKTFQ
GKPIKARIKAKAIAINTFLPKNGFRPLDVSLYAQQRYATSFYFPPMYSPQQQFPLYSLIT
PQTWSATHSYLDPPLVTPFPNTGFINGFTSPAFKPAASPLTSLRQYPPRSRNPSKSHLRH
AIPSAERGPGLLESPSIFNFTADRLINGVRSPQTRQAGQTRTRIQNPSAYAKREAGPGRV
EPGSLESSPGLGRGRKNSFGYRKKREEKFTSSQTQSPTPPKPPSPSFELGLSSFPPLPGA
AGNLKTEDLFENRLSSLIIGPSKERTLSADASVNTLPVVVSREPSVPASCAVSATYERSP
SPAHLPDDPKVAEKQRETHSVDRLPSALTATACKSVQVNGAATELRKPSYAEICQRTSKE
PPSSPLQPQKEQKPNTVGCGKEEKKLAEPAERYREPPALKSTPGAPRDQRRPAGGRPSPS
AMGKRLSREQSTPPKSPQ

В геноме африканского слона было найдено 4 хита. Для самой лучшей находки:

• e-value: 2E-226
• identity: 82%
• длина выравнивания: 465
• координаты найденного гена в геноме слона: 7564563-7606792, он содержит 9 интронов.

Задание 3. Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST.

В отдельный файл была вырезана последовательность глициновой тРНК (tRNA-Gly) бактерии Hirschia baltica. Эта бактерия относится к порядку Rhodobacterales. Для данной последовательности тРНК был проведен поиск гомологов по всем бактериям, относящихся к тому же порядку. Учитывались только результаты с e-value < 0,001. Поиск проводился тремя различными алгоритмами:

• megablast: 1 хит - тРНК исходной бактерии;
• blastn: 27 хитов, включая тРНК исходной бактерии;
• blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1: 29 хитов, включая тРНК исходной бактерии.

Результаты наглядно показывают, насколько megablast менее чувствительный и более специфичный алгоритм, по сравнению с blastn. При увеличении чувствительности blastn найденных гомологов стало больше, это ожидаемый результат.