Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК
Задание 1. Получение структур ДНК разных форм
При помощи команды fiber были сгенерированы структуры A, B и Z форм ДНК. Использованные команды представлены ниже. Полученные файлы можно скачать по ссылкам: A-форма, B-форма и Z-форма.
fiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -a gatc-a.pdbfiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -b gatc-b.pdbfiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -z gatc-z.pdb
Задание 2. Анализ цепей ДНК
Для выполнения этого задания выбрал B-форму ДНК. В её модели согласно персональному заданию определил расположение атомов третьего цитозина относительно большой и малой бороздок:
- В сторону большой бороздки: С3.C4, С3.N4, С3.C5, С3.C6
- В сторону малой бороздки: С3.N1, С3.C2, С3.O2, С3.N3
При помощи инструмента Measuremment (раздел Wizard) программы PyMOL были высчитаны основные показатели для каждого из типов спирали, они представлены в таблице ниже.
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали, Å | 28.0 | 33.8 | 42.5 |
| Число оснований на виток | 11 пар | 10 пар | 12 пар |
| Ширина большой бороздки, Å | 16.8 (19:A.P-24:B.P) | 17.2 (4:A.P-34:B.P) | 15.2 (14:A.P-11:B.P) |
| Ширина малой бороздки, Å | 8.0 (25:B.P-10:A.P) | 11.7 (38:B.P-7:A.P) | 8.7 (11:A.P-35:B.P) |
Задание 3. Структура РНК
При помощи программ ниже был сгенерирован файл 1FFY_old.out, поиском по которому была найдена вся необходимая информация. Также в этом файле можно найти информацию о торсионных углах (torsion angles), ширине большой и малой бороздок (minor and major groove widths) и площади перекрывания двух последовательных пар азотистых оснований (overlap area).
wget "https://files.rcsb.org/download/1FFY.pdb" -O "1FFY.pdb"remediator --old ''1FFY.pdb'' > ''1FFY_old.pdbfind_pair -t 1FFY_old.pdb stdout | analyze
Координаты стеблей
Были найдены в разделе «RMSD of the bases (----- for WC bp, + for isolated bp, x for helix change)...». Номера нуклеотидов, образующих стебли: 1-7 и 72-66; 49-53 и 65-61; 38-44 и 32-26; 10-13 и 25-22.
Неканонические пары оснований
Содержатся в том же разделе, что и стебли. 10 пар: 5U-68G; 49G-65U; 54U-58A; 55U-18G; 36U-33U; 38A-32C; 44A-26G; 14A-8U; 15G-48C; 16G-18U
Дополнительные водородные связи
Также содержатся в этом разделе. Только одна пара: 19G-56C.