Гомологи

Blastp

Мои бактерии:

**Таблица 1.** Бактерии и мнемоника
Бактерия	Мнемоника
Corynebacterium diphtheriae	CORDI
Corynebacterium efficiens	COREF
Bifidobacterium longum	BIFLO
Mycolicibacterium vanbaalenii	MYCVP
Rhodococcus jostii	RHOJR
Streptomyces avermitilis	STRAW
Thermobifida fusca	THEFY

Сперва я получил список гомологов и затем отобрал нужные с e-value < 0.001. Список находок приведен ниже. Содержит как находки из SwissProt (sp), так и из TrEMBL (tr). В дальнейшем буду использовавать находки SwissProt. Список находок.

Как видно из списка, самым низким e-value обладают АТФ-зависимые Clp протеазы. Среди находок велико количество иных протеаз. Также можно заметить, что все белки являются АТФазами.

Далее я составил из списка с AC идентификаторами всех белков файл с последовательностями, который можно посмотреть по ссылке. Используемый скрипт.

Построение дерева

Дерево я решил построить методом UPGMA в программе Mega X. Для этого я использовал вышеназванный FASTA-файл и построил выравнивание с помощью Muscle.

Скобочная формула полученного дерева представлена здесь.

**Рис 1.** Изображение дерева гомологов CLPX с тремя ортологичными группами (по цветам).

В качестве примера три пары ортологов:

CLPX MYCVP и CLPX RHOJR
RUVB COREF и RUVB BIFLO
CLPB CORDI и CLPX COREF

Три пары паралогов:

RUVB BIFLO и CLPB BIFLO
CLPX CORDI и CLPB CORDI
CLPX COREF и RUVB COREF

**Рис 2.** Изображение дерева со схлопнутой ветвью (CLPX).

Основная часть дерева представлена АТФ-связывающими субъединицами протеазы ClpX. Туда вошли 6 различных бактерий, но дерево не показывает точную реконструкцию эволюционных взаимоотношений (в частности, STRAW ближе к BIFLO, нежели к RHOJR и MYCVP). Не вошла бактерия Thermobifida fusca.

Две остальные группы были представлены двумя гомологами белков бактерий. Первая группа шапероном ClpB (CORDI и BIFLO), а вторая субъединицей RuvB ДНК-хеликазы (COREF и BIFLO).