База данных The Human Protein Atlas
Мной был выбран белок с идентификатором FUCA1, при выдаче была выдана таблица с информацией о белке, кодирующем его гене и множество иных различных параметров, включая функцию, клеточное и тканевое распределение и так далее.
Белок является альфа-L-фукоидазой 1 КФ 3 (гидролаза), который катализирует реакцию гидролиза остатка L-фукозы из различных гликопротеинов. Причем при дефиците данного белка развивается состояние называемое фукозидоз - в лизосомах происходит накопление различных гликопротеинов и олигосахаридов с фукозой, что приводит в итоге к смерти.
Я решил посмотреть экспрессию РНК, для этого необходимо воспользоваться вкладкой "Single cell". Наблюдается низкая тканеспецифичность, РНК синтезируется практически во всех клетках (кроме горизонтальных клеток сетчатки), но наибольшее количество наблюдается в клетках желудочно-кишечного тракта (в основном, в энтероцитах) и в лимфоидных клетках (макрофаги, клетки Хофбауэра и клетки Купфера). Это достаточно логично, так как в ЖКТ происходит переваривание различных соединений (в том числе фукозосодержащих), а различные макрофаги имеют множество лизосом, так как их основная задача - поглощать частицы и переваривать их. Локализация внутриклеточная.
Затем можно посмотреть какова экспрессия данного белка при различных патологиях. В частности, был выбран рак почки и проанализирован датасет из 286 женщин и 591 мужчины. На рис.3 видно, что в среднем для выживших людей (синее распределение) экспрессия белка выше, чем для умерших. Вероятно, он может оказывать слабый эффект на подавления роста опухолей (возможно, из-за лучшей работы иммунных клеток и их выживания, так как при низких уровнях они страдают). Однако, различия не слишком сильное 42.2 FPKM для живых и 33.12 FPKM для мертвых. *FPKM - fragments per kilobase of transcript per million fragments mapped, то есть количество фрагментов на килобазу транскриптов на миллион картированных фрагментов.
На другом графике можно проанализировать выживаемость пациентов в зависимости от экспрессии белка. И действительно, для пациентов с большей экспрессией наблюдается большая выживаемость, что в целом демонстрирует роль FUCA1 как онкосупрессора.
Также предоставляется возможность посмотреть на ткани из пациентов и с описанием уровня экспрессии. Я решил сравнить двух пациентов одного возраста (63 года) со средним и низким уровнем экспрессии FUCA1. На рис 5. можно посмотреть на различия в строении ткани. У пациента с низким уровнем экспрессии ситуация явно хуже, нежели у того, у кого экспрессия находится на среднем уровне (около 50 FPKM).
