"BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии"
Работа с программой blastp.

Часть1. Поиск белка TPIS_ECOLI по фрагменту его аминокислотной последовательности".
  • Поиск велся по базе данных nr (non-redundant). WordSize=2, low complexity fiter on. Из белка были взяты 3 фрагмента: 2 длинной в тридцать аминокислотных остатков (в одном были сделаны 2 замены) и 1 длинной в 10 аминокислот. Поиск в базе данных по последовательностям в 30 и 10 аминокислот дал следущие результаты: Самый низкий E-value оказался для короткой последовательнсти, поскольку вероятность случайнго совпадения 10и аминокислотных остатков достаточно велика. Последовательность в 30 аминокислот без замен имеет набольший вес выравнивания с исходным белком, потому что вес выравниваия тем больше, чем больше число совпадений.
  • Последовательности:

    Seq1: MRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKEL

    Seq2: NLFPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKEL

    Seq3: MRHPLVMGNW

    • Часть 2.Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов? .

  • Поиск белков похожих на белок TPIS_ECOLI из E. coli, выдал много белков, обладающих как похожими, так и не похожими функциями. Следует отметить, что наибольшим Е-value обладают белки с похожими функциями. Эти белки можно отнести к ортологам белка PurE. Blast является вполне многофункциональной и полезной программой, однако она не является идеальным инструментом для поиска ортологов.