Создание выборки белков с одинаковыми функциями.

Задача – создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и триозофосфатизомераза из Escherichia coli, штамм К-12.

Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release…..

Результаты поиска в БД UniProt белков с тем же кратким описанием (DE), что и P04790. Часть 2. Описание процедуры составления выборки

Описание составления выборки:

1. Поисковая система: SRS (Sequence Retreival System).

2. Веб-сервер: http://srs.ebi.ac.uk/

3.При поиске мы использовали поисковую систему SRS, веб-сервер http://srs.ebi.ac.uk, в поле DESCRIPTION мы писали полное название белка (триозофосфатизомераза), в поле SPECIES - название организмов (Escherichia coli, Vibrio cholerae, Yersinia pestis), в поле TAXONOMY- название таксона (Bacteria, Gammaproteobacteria, Firmicutes, Archae, Eukaryota). Для поиска были использованы банки данных UniProt и SwissProt.

Часть 3. Описание выборки

Отбор проводился со следующими критериями:

1. Белок должен иметь то же описание, что и исходный.

2. Белок должен отличаться от исходного по аминокислотной последовательности и находиться в другом (возможно, родственном) организме.

Результат выборки следующий: