Различия выравниваний Tcoffee, Probcons, Muscle
Jalview проект можно скачать здесь. Множество различий выравниваний встречается в самом начале, на участке 1:30. Например, на 30 позиции в выравниваниях Tcoffee и Probcons мы видим AA-, в то время как Muscle показывает AAK.
Следующее различие можно замеить на участке 267:269. Вновь первые два выравнивания одинаковы, а в третьем последняя последовательность выравнена по-другому: PA- вместо -PA.
Последняя группа различий находится в хвосте на интервале 454:485. Выделяется позиция 459, где выравнивание Muscle ставит 3 серина, другие же выравниваня там серина не ставят вовсе. Учитывая предыдущий пример, легко заметить, что Muscle отдаёт предпочтение полному сходству, нежели частичному.
Легко заметить, что гомологичные белки сильнее всего отличаются на краях последовательностей. Это не удивительно, поскольку в центре расположенны функциональные и структурно важные участки.
Подводя итог, могу сказать, что глядя на эти три участка выравнивание Muscle кажется мне наиболее удачным.