Сборка
| Удаление адаптеров | java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 SRR4240360.fastq out1.fastq ILLUMINACLIP:adapters.fasta:2:7:7 | Surviving: 8212761 (99,49%) Dropped: 41871 (0,51%) |
| Удаление плохих нуклеотидов с хвостов | java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 out1.fastq out2.fastq TRAILING:20 | Surviving: 8140964 (99,13%) Dropped: 71797 (0,87%) |
| Удаление плохих нуклеотидов с начал | java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 out2.fastq out3.fastq LEADING:20 | 8140964 (100,00%) Dropped: 0 (0,00%) |
| Удаление ридов длины менее 30 | java -jar /nfs/srv/databases/ngs/suvorova/trimmomatic/trimmomatic-0.30.jar SE -phred33 out3.fastq out4.fastq MINLEN:30 | Surviving: 7931146 (97,42%) Dropped: 209818 (2,58%) |
| Вес до: 108,5 Мб, после: 104,48 Мб | ||
| Разбитие ридов на 29-меры | velveth out5 29 -fastq out2.fastq -short | |
| Сборка ридов | velvetg out5 | |
Анализ
N50 сборки равен 67095.
Самые длинные контиги имеют длину: 94956, 70305, 70300.
Их покрытие соответственно: 43,69 , 49,35 , 42,01.
Самые длинные контиги имеют длину: 94956, 70305, 70300.
Их покрытие соответственно: 43,69 , 49,35 , 42,01.
Как видно контиг хоть с пробелами и инвертированно, но очень хотошо лёг на участок хромосомы.
*В связи с очень хорошим расположением выравниваний считаю целесообразным рассматривать их как одно, с гэпами.
| Участок хромосомы | 495.033 - 412.321 |
| Колличество несовпадений | 11291 |
| Колличество гэпов | 1458 |
В данном случае контиг лёг на два участка хромосомы. Если исходить из расстояния между участками, можно сказать, что контиг собрался неверно.
| Участок хромосомы | 2.004 - 11.103 |
| Колличество несовпадений | 6211 |
| Колличество гэпов | 685 |
| Участок хромосомы | 604.302 - 627.104 |
| Колличество несовпадений | 3133 |
| Колличество гэпов | 404 |
Этот контиг также, как и первый хорошо лёг на хромосому.
| Участок хромосомы | 247.596 - 218.821 |
| Колличество несовпадений | 13123 |
| Колличество гэпов | 1799 |