Сравнение структур ДНК

• A-форма
• B-форма
• Z-форма

Тимин. Седьмой остаток в цепи 3V9D.
Крассным отмечены атомы направленные в сторону большой бороздки:

• 7:B.N1
• 7:B.C2
• 7:B.O2

Синим - в сторону малой бороздки:

• 7:B.C4
• 7:B.O4
• 7:B.C5
• 7:B.C7

Анализ цепей ДНК:

	A-форма (3V9D)	B-форма (1BNA)	Z-форма (1TNE)
Тип спирали	Правая	Правая	Левая
Шаг спирали	29.17	30.08
Число оснований на виток	13	11
Ширина большой бороздки	15.14	18.10
Ширина малой бороздки	11.36	11.06

Уражнение 1. Значения торсионных углов в молекуле тРНК 1i9v в сравнении с углами в ДНК. Легенда:

• α: O3'(i-1)-P-O5'-C5'
• β: P-O5'-C5'-C4'
• γ: O5'-C5'-C4'-C3'
• δ: C5'-C4'-C3'-O3'
• ε: C4'-C3'-O3'-P(i+1)
• ζ: C3'-O3'-P(i+1)-O5'(i+1)
• χ for pyrimidines(Y): O4'-C1'-N1-C2
  χ for purines(R): O4'-C1'-N9-C4

Средние углы	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
тРНК	-44,98	102,69	65,95	83,83	-140,33	-73,70	-148,67
A-форма ДНК	-39,15	50,30	33,40	85,22	-146,11	-71,82	-139,89
B-форма ДНК	-62,80	73,17	59,50	122,73	27,37	-75,72	-117,26
Z-форма ДНК	46,53	-95,63	-0,98	121,13	-118,35	42,23	-49,44

Структура цепи больше всего соответствует каковой в A-форме ДНК

Упражнение 2. Стебли в структуре тРНК (1i9v).
Неканонические пары:

• 4_:[..G]G-**--U[..U]:..69
• 54_:[5MU]t-**--A[..A]:..58
• 36_:[..A]A-**--U[..U]:..33
• 38_:[..A]A-**--C[..C]:..32
• 44_:[..A]A-**--G[..G]:..26
• 14_:[..A]A-**--U[..U]:...8
• 15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48

В структуре помимо стеблей причутствует 6 пар, дополнительно связывающие структуру.