Предсказание вторичной структуры тРНК
Упражнение 1. Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов.
SEQUENCE: Score 16: 8/10 ( 80%) matches, 0 gaps
22 gagcgccaga 31
|| | |||||
48 ctggaggtct 39
SEQUENCE: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
49 ctgtg 53
|||||
65 gacac 61
Упражнение 2. Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера.
Сравнение реальной структуры, показанной в предыдущем практикуме, и
предсказанных структур.
| Участок структуры | Позиции в структуре | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-1-7-3' 3'-72-66-5' Всего 7 пар | Предсказано 4 пары И 4 лишних | Предсказано 7 пар И 1 лишняя |
| D-стебель | 5'-10-13-3' 3'-25-22-5' Всего 4 пары | Предсказано 0 пар | Предсказано 4 пары |
| T-стебель | 5'-49-53-3' 3'-65-61-5' Всего 5 пар | Предсказано 5 пар | Предсказано 0 пар И 4 лишние |
| Антикодоновый стебель | 5'-40-44-3' 3'-30-26-5' Всего 5 пар | Предсказано 0 пар | Предсказано 4 пары И 1 лишняя |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 пар | 13 пар | 18 пар |
Поиск ДНК-белковых контактов
Упражнение 1. Определение множеств.
Скрипты для Jmol с определениями в структуре ДНК 1mdm следующих групп атомов:
- Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1)
- Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2)
- Множество атомов азота в азотистых основаниях (set3)
Упражнение 2. ДНК-белковые контакты в структуре 1mdm.
Результаты были получены при помощи Jmol и команд, представленных в данном скрипте.
Можно заметить, что наибольший вклад в образование комплекса оказывают контакты Сахара, с преобладанием неполярных. Практически отсутствуют контакты оснований малой бороздки, что логично, с учётом расположения белка цепи B.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| Остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 13 | 16 |
| Остатками фосфорной кислоты | 8 | 18 | 26 |
| Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 13 | 17 |
| Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Можно заметить, что наибольший вклад в образование комплекса оказывают контакты Сахара, с преобладанием неполярных. Практически отсутствуют контакты оснований малой бороздки, что логично, с учётом расположения белка цепи B.
Упражнение 3. Популярная схема ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.
Результат представлен здесь.
Результат представлен здесь.
Упражнение 4.
Больше всего контактов образует Arg137(A).
Важными для распознавания скорее всего являются аминокислоты взаимодействующие с азотистыми основаниями. Например Gly30(A) и Gly84(A), которые образуют по две связи.(На картинке Gly30)
Больше всего контактов образует Arg137(A).
Важными для распознавания скорее всего являются аминокислоты взаимодействующие с азотистыми основаниями. Например Gly30(A) и Gly84(A), которые образуют по две связи.(На картинке Gly30)