Упражнение 1. Чтение хроматограмм
Исходные прочтения:
прямое и
обратное
Обработанные прочтения: прямое и обратное
Jalview проект в выравниванием
Итоговая последовательность
Обработанные прочтения: прямое и обратное
Jalview проект в выравниванием
Итоговая последовательность
Проблемные участки
В данном участке программа не определила нуклеотиды, но они легко определяются по пикам и обратной цепи. | |
Здесь в обратной цепи пик оказался настолько слабым, что был определён как шум. | |
В этом месте явно неправильно легла краска. Правильные нуклеотиды можно восстановить по прямому прочтению. | |
Тут снова лишние пятна. Восстановить легко по второй цепи. |
Характеристика
- Нечитаемые участки прямого прочтения: 1_19 и 673_715,
обратного: 1_12 и 667_718 - Качество обеих хроматограмм хорошее, но есть проблемные участки. Соотношение сигнала к шуму примерно 8 к 1.
- Сигнал в целом ровный с небольшими колебаниями, но присутствуют и скачки.
Упражнение 2. Нечитаемые фрагменты
В этой хроматограмме большие проблемы с краской гуанина и шумом.
Можно лишь предположить в некоторых участках реальную структуру,
как это сделано выше.