Филогенетическое дерево

Скобочная формула

(((ECOLI, SACD2), ((THIDA, POLAQ), NEIMA)), ((AGRFC, RHIME), BARHE));

Дерево

Ветви

Всего 5 нетривиальных ветвей:

• {ECOLI, SACD2} против {THIDA, POLAQ, NEIMA, AGRFC, RHIME, BARHE}
• {THIDA, POLAQ} против {ECOLI, SACD2, NEIMA, AGRFC, RHIME, BARHE}
• {THIDA, POLAQ, NEIMA} против {ECOLI, SACD2, AGRFC, RHIME, BARHE}
• {ECOLI, SACD2, THIDA, POLAQ, NEIMA} против {AGRFC, RHIME, BARHE}
• {ECOLI, SACD2, THIDA, POLAQ, NEIMA, BARHE} против {AGRFC, RHIME}

Таксономия

Согласно таксономическому сервису NCBI можно сделать выводы:

• Самая верхняя нетривиальная ветвь олицетворяет класс Gammaproteobacteria.
• Средняя ветвь представляет класс Betaproteobacteria, однако большего родства не указано. Это говорит о том, что отделение THIDA и POLAQ от NEIMA не отображает реальной близости первых.
• Последняя ветвб объединяет класс Alphaproteobacteria, порядок Rhizobiales. AGRFC и RHIME относятся к семейству Rhizobiaceae, группе Rhizobium/Agrobacterium, в то время как BARHE к семейству Bartonellaceae.

Гомологи, ортологи и паралоги

Поиск гомологов происходил программой blastp с порогом на evalue 0.001.
Дерево построено из найденных гомологов алгоритмом Neighbor-Joining.
Среди находок паралогами являются, например, пары белков CLPX_ECOLI и HSLU_ECOLI, CLPX_THIDA и Q3SFW1_THIDA.
А группы CLPX_ ECOLI, POLAQ, THIDA, SACD2, BARHE, RHIME, AGRFC, NEIMA
и HSLU_ SACD2, ECOLI, BARHE, RHIME, AGRFC являются попарными ортологами.
Соответственно одной из причин возникновения паралогов является дупликация гена,
а ортологи могут появлятся в результате видообразования.