Получение информации о КОГе
| Белок | ALV08113.1 4-alpha-glucanot1ransferase |
| ID КОГа | COG1640 |
| E-value | 1.21e-151 |
| Диапозон в котором обнаружен КОГ / Всего остатков | 7-478 / 507 |
| Название КОГа / Функция (анг) | 4-alpha-glucanotransferase / Carbohydrate transport and metabolism |
| Название КОГа / Функция (ру) | 4-альфа-глюканотрансфераза / Карбогидратный транспорт и метаболизм |
Визуализация геномного окружения
Окружение в большинстве своём не консервативно (Рис 1).Однако наблюдаются консервативные структуры у Протеобактерий (Рис 2).
Цвета:
- Зелёный - COG1640 - 4-alpha-glucanotransferase
- Серый - COG0366 - Glycosidase
- Синий - COG0296 - 1,4-alpha-glucan branching enzyme
- Красный - COG1523 - Pullulanase/glycogen debranching enzyme
- Жёлтый - COG3280 - Maltooligosyltrehalose synthase
- Розовый - COG3281 - Predicted trehalose synthase
Рисунок 1.
Рисунок 2.
Отнесение белка 4-alpha-glucanotransferase из Roseateles depolymerans к терминам GO
При использовании AmiGO был найден белок 4-alpha-glucanotransferase, но из Geobacter sulfurreducens. P-value находки - 3.7e-119, что очень мало, а значит можно говорить о хорошем сходстве. Со страницы белка была получена вся информация для Таблицы 1. А информация о кодах типов достоверности для Таблицы 2 была получена из докуметации GO evidence codes.Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q74DY3 (Q74DY3_GEOSL)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| Биологический процесс (biological process) | GO:0005980 | Glycogen catabolic process | Катаболизм гликогена | ISS |
| Молекулярная функция (molecular function) | GO:0004134 | 4-alpha-glucanotransferase activity | 4-альфа-глюканотрансферазная активность | ISS |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | Код используется в случае, если основой для аннотации послужили какие-либо ручные методы анализа последовательностей. |