База данных OPM
| Archaerhodopsin-1 | |
| Толщина гидрофобной части | 31.8 ± 1.3 Å |
| Координаты трансмембранных спиралей | 1(15-38), 2(48-68), 3(86-104), 4(111-133), 5(138-160), 6(179-197), 7(207-230) |
| Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали | 22 |
| В какой мембране находится белок | Мембрана археи |
Рисунок 1. Archaerhodopsin-1
| Outer membrane protein A | |
| Толщина гидрофобной части | 25.4 ± 1.9 Å |
| Координаты трансмембранных тяжей | 1(7-15), 2(35-44), 3(51-58), 4(76-85), 5(93-101), 6(120-130), 7(137-145), 8(160-169) |
| Среднее количество остатков в одном трансмембранном тяже | 9,5 |
| В какой мембране находится белок | Внешняя мембрана Грам-отрицателной бактерии |
Рисунок 2. Outer membrane protein A
Анализ предсказания трансмембранных спиралей
Рисунок 3. Outer membrane protein A. По оси x отложены номера остатков. По оси y - вероятность нахождения остатка в определённом месте: Розовый - с внешней мембаны, Красный - внутри мембраны, Синий - с внутренней стороны.
Рисунок 4. Outer membrane protein A. По оси x отложены номера остатков. По оси y - вероятность нахождения остатка в определённом месте: Синий - с внешней мембаны, Серый - внутри мембраны, Зелёный - с внутренней стороны.
Обе автоматические программы ошибаются в границах спиралей на 2 - 4 остатка. При средней длине спирали в 22 остатка это прорядка 14%. Однако все спирали определены и ничего не упущено.