Pymol, электронная плотность

Взаимодействие главной протеазы SARS-CoV-2 с лигандом T3V (PDB ID: 5RES).
Ссылка на скачивание сессии в PYmol

Целью задания было сравнить две эллектронные плотности для одного белка с идентификаторами PDB 6E6J и 5IG6. Сразу были замечены значительные различия в качестве эллектронных плотностей. В первой структуре видны очертания остова и некоторых атомов. Во второй - видно плотность для каждого атома.
Разрешение первой структуры - 2.44Å, а второй - 0.91Å, что гораздо качественней. Это подтверждает наблюдения.

В данном задании необходимо было сравнить разные уровни подрезки эллектронной плотнисти вокруг остова белка. На рисунках приведены уровни подрезки с 1 по 4. Как видно, на первом видно окружение всех атомов, с незначительным шумом вокруг крайних областей. На втором эллектронная плотность пропадает совсем с крайних областей. Это может быть связано с подвижностью этих областей. На третьем уровне подрезки эллектронная плотность уходит с C-alpha атомов и остаётся только вокруг пептидных связей. И на четвёртом эллектронная плотность остаётся только вокруг кислородов. Это связано с особенностью распределения электронов в пептидной связи.

Здесь представлено сравнение разных уровней подрезки эллектронной плотности для отдельной молекулы (0.5, 1, 2, 3). Первая плотность очерчивает общую форму молекулы. На уровне подрезки 1, видно смещение эллектронной плотности внутри молекулы к более электроотрцательным атомам. На 2 уровне становится видно к каким конкретно - это кислород и сера. И на последнем плотность остаётся только вокруг кислорода.