Задание 1
Целью задания было рассмотреть отличия альтернативных положений аминокислоты ARG-256 в кристалле белка Бета-лактомазы (PDB ID: 6AFM).
Они представлены на рисунках ниже. Как видно, рядом с остатком нет боковых цепей, с которыми он мог бы взаимодействовать.
Можно предположить только какие-то электростатические контакты с атомами остова: VAL-291, ASP-255 и PHE-290 в первом случае и PHE-290 и PRO-258 во втором.
Я бы сказал, что второе положение выглядит немного стабильнее, так как расстояния меньше. Однако в действительности представленность положений равна.
Задание 2
В данном задании было необходимо изучить поведение параметра В-фактор на примере всё того же белка.
На первом изображении показано изменение этого параметра у атомов остова: окого 4 у самых синих атомов и до 20 у зелёных.
Видно, что атомы расположенные у края структуры обладают более высоким значением В-фактора, чем атомы в глубине.
Ниже рассмотрена аминокислота ARG-256 на уровнях подрезки 1, 1.5, 2, 2.5. Она обладет самыми низкими значениями В-Фактора, доходящими до 50 на атоме азота (красный цвет). Как видно даже на первом уровне одрезки электронная плотность уже плохо ложиться на боковую цепь. На уровнях 1.5 и 2 эллектронная плотность остаётся только на атомах остова и самых электроотрицательных атомах боковых цепей. И на уровне 2.5 начинает пропадать и с атомов остова. Видно, что при прочих равных эллектронная плотность в первую очередь уходит с атомов с более высоким значением В-фактора. ARG-256 расположен на краю белка и скорее всего может взаимодействовать с растворителем, что обясняет такие значения В-фактора.
Ниже рассмотрена аминокислота ARG-256 на уровнях подрезки 1, 1.5, 2, 2.5. Она обладет самыми низкими значениями В-Фактора, доходящими до 50 на атоме азота (красный цвет). Как видно даже на первом уровне одрезки электронная плотность уже плохо ложиться на боковую цепь. На уровнях 1.5 и 2 эллектронная плотность остаётся только на атомах остова и самых электроотрицательных атомах боковых цепей. И на уровне 2.5 начинает пропадать и с атомов остова. Видно, что при прочих равных эллектронная плотность в первую очередь уходит с атомов с более высоким значением В-фактора. ARG-256 расположен на краю белка и скорее всего может взаимодействовать с растворителем, что обясняет такие значения В-фактора.
Задание 3
Последней задачей было сгененировать кристалическую укладку белка.
На первом рисунке изображена сама структура, а на втором схема, по которой проще понять укладку молекул.
На третьем рисунке изображены лишь молекулы окружающие наш исходный белок (покрашен рыжим).
Он контактирует с 12 другими молекулами (2 не видно, они расположены с другой стороны симметрично розовым).
