Практикум 2: кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи).

Из файла 2PR5.pdb: CRYST1 88.846 91.634 34.239 90.00 90.00 90.00 P 21 21 2 8
тип ячейки - P
символ пространственной группы - 21 21 2
число молекул в элементарной ячейке - 8
длины сторон параллелепипеда - 88.846, 91.634, 34.239
углы - 90.00, 90.00, 90.00

Изображение окружения белковой молекулы (показана красным) соседями по кристаллической решетке.
Критерий контакта - расстояние менее 5 ангстрем (команда symexp neighbor, 2pr5, (2pr5), 5).
Исходный белок контактирует с 12 белковыми молекулами.

C сайта http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do был скачан файл структурных факторов 2pr5-sf.cif.
Число измеренных структурных факторов - 48050
Максимальная измеренная амплитуда рефлекса - 14.822
Минимальная измеренная амплитуда рефлекса - 1.450

главная страница