Практикум 3: рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема.

Статья про структуру 2PR5:

Moglich A, Moffat K (2007) Structural Basis for Light-dependent Signaling in the Dimeric LOV Domain of the Photosensor YtvA. J Mol Biol 373: 112-126.

Информация о гомологах 2PR5, представленных в бд PDB:

Custom_Report.xlsx (Из 50 гомологов с E-value < 0.01 было выбрано 5.)

Краткое описание 2PR5:

1. Главный биологический результат статьи:
   Разрешена структура LOV домена фотосенсора Ytva в состоянии на свету (2PR6) и в темноте (2PR5). Белок имеет характерную для PAS доменов укладку и образует димер за счет гидрофобной поверхности. Поглощение света приводит к образованию ковалентной связи между консервативным остатком цистеина и атомом С(4а) ароматического кольца ФМН, которая, в свою очередь, запускает преобразования по всему LOV домену. Кроме того, темновая и сетовая формы белка отличаются (на 5 градусов) углом поворота одного мономера относительно другого. Это незначительное изменение четвертичной структуры, предположительно - часть механизма, регулирующего активность Ytva в зависимости от освещения. И стуктура, и механизм передачи сигнала Ytva укавают на то, что Ytva отличается от фототропинов растений и во многом схож с прокариотическими гем-связывающими PAS доменами.
2. Разрешение структуры - 1.45 ангстрем.
3. Метод решения фазовой проблемы - молекулярное замещение (программа PHASER, гомолог 1N9L).
4. общее число структурных факторов - 50453
   число измеренных структурных факторов - 48050
   число измеренных структурных факторов, имеющих силу сигнала более 3 - 40780 (84%)
   посчитано с помощью скрипта
5. R-фактор - 0.192; R-free фактор - 0.224
6. Источники: статья, PDB файл, EDS.
7. Выравнивание полной последовательности белка (из Uniprot) и белка, представленного в PDB файле:
   
   
   
   Расшифрована структура LOV домена и структура региона-связки между LOV и STAS доменами. (Для цепи А - 21-147 а.о., для цепи В - 21-146 а.о.)