При помощи SRS была получена аминокислотная последовательность белка LYS_CHASP в fasta-формате - LYS_CHASP.fasta. LYS_CHASP - лизоцим гриба Chalaropsis sp.
C сайта банка PDB были получены файлы 1LMP.pdb и 1LMP.fasta. 1LMP - лизоцим форели.
Аминокислотные последовательности лизоцимов были выровняны при помощи Clustal - alignment.pir.
Файл с выравниванием был модифицирован для программы MODELLER - alignment_mod.pir.
Файла со структурой был модифицирован для MODELLER - 1lmp_now.ent
Водородные связи лизоцима форели с лигандом:
Скрипт для моделирования LYS_CHASP. В скрипте указано, какие водородные связи белка с лигандом должны быть В БУДУЩЕЙ МОДЕЛИ.
Результат моделирования - 5 моделей белка LYS_CHASP:
seq.B99990001.pdb
seq.B99990002.pdb
seq.B99990003.pdb
seq.B99990004.pdb
seq.B99990005.pdb
Свойства белка-шаблона 1LMP были проанализированы при помощи сервиса Template Structure Check из раздела Build/check/repair model веб-интерфейса WHATIF.
Свойства 5-и моделей белка LYS_CHASP были проанализированы при помощи сервиса Protein Model Check из раздела Build/check/repair model веб-интерфейса WHATIF.
Для выбора лучшей модели были использованы две характеристики модели:
| Модель | Ramachandran Z-score (The score expresses how well the backbone conformations of all residues correspond to the known allowed areas in the Ramachandran plot.) |
Standard deviation of omega values (The omega angles for trans-peptide bonds in a structure are expected to give a gaussian distribution with the average around +178 degrees and a standard deviation around 5.5 degrees.) |
| модель 1 | -3.127 (low) | 5.167 (OK) |
| модель 2 | -3.604 (low) | 4.319 (OK) |
| модель 3 | -2.992 (OK) | 6.203 (OK) |
| модель 4 | -3.172 (low) | 4.911 (OK) |
| модель 5 | -1.977 (OK) | 4.706 (OK) |
| 1LMP | -0.965 | 2.718 |
По-видимому, лучшая модель - 5-ая.
Синим - 1LMP, лиловым - 5-ая модель.