Порфирин:
Структура порфирина, построенная на основе SMILES порфирина, c помощью программы obgen:
После удаления ненужных водородов:
Результат оптимизации структуры в Mopac (с параметризацией pm6):
После оптимизации в Mopac молекула стала плоской.
Cпектр поглощения порфирина.
Молекула O=C1C=CC(=O)C=C1:
зеленым - структура, построенная на основе SMILES, c помощью программы obgen;
бирюзовым - результат оптимизации структуры в Mopac (с параметризацией pm6);
лиловым - дианион молекулы (отрицательные заряды на атомах кислорода), оптимизован в Mopac.
Структуры отличаются незначительно. Связи С-O в дианионе длиннее.
Переход из тиминового димера в тимины:
 |  |  |
| TOTAL ENERGY = -3273.58217 EV | TOTAL ENERGY = -3253.90834 EV | TOTAL ENERGY = -3273.69661 EV |
Возбуждённое состояние при добавлении электронов не перешло обратно в исходное состояние т.к. это энергетически невыгодно.