Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики

• 1.
  Делаем pdb файл этана из результатов оптимизации из предыдущего практикума - babel -igamout et.log -opdb et.pdb - et.pdb .
  Подготавливаем pdb файл - Ante_RED.pl et.pdb - появилось несколько файлов, в том числе et-out.p2n .
  Заряд и мультиплетность молекулы этана (CHARGE-VALUE 0; MULTIPLICITY-VALUE 1), указанные в заголовке файла et-out.p2n, верны. Переименовываем et-out.p2n файл в Mol_red1.p2n
  Получаем файл с координатами атомов этана и значениями точечных зарядов на атомах этана - RED-vIII.4.pl - Mol_m1-o1.mol2 .
• 2.
  Файл - описание молекулы этана в формате пакета программ GROMACS - et.top .
• 3.
  Скрипт - script.bash .
  Значение epsilon для водорода нам не известно. Cоздадем 7 топологий с разными значениями epsilon для водорода. - topology .
  Проводим для двух состояний системы (первое соответствует газовой фазе, где расстояния между молекулами порядка 50 ангстрем; во втором система имеет такую же плотность как и жидкий этан) молекулярную динамику с каждым файлом топологии. Результаты рассчета - calculation .
  Считаем значения энергий. Полученные txt файлы - energy .
• 4.

                           жидкая фаза           
               	   average energy (kJ/mol)   
                                                    
          epsilon		LJ		Coulomb   
          1.00000       -236.093         0.00200742 
          0.12500       -20.5533         0.000218901
          0.03703       -4.74568         0.000152293
          0.01562       -2.37165         0.000173667
          0.00800       -2.19137         4.06633e-05
          0.00462       -2.55976         1.6441e-05 
          0.00291       -3.22945         5.56753e-05
  
                           газовая фаза          
               	   average energy (kJ/mol)  
                                                   
          epsilon		LJ		Coulomb  
          1.00000       -0.000226809     3.89874e-05
          0.12500       -0.00015805      3.89895e-05
          0.03703       -0.000141376     3.89889e-05
          0.01562       -0.000134447     3.89881e-05
          0.00800       -0.000130809     3.89874e-05
          0.00462       -0.000128615     3.89872e-05
          0.00291       -0.000127183     3.89875e-05
  

  
  Для обеих фаз вклад кулоновских взаимодействий намного меньше, чем VdW.