PSI-BLUST

1.

• 
  

  ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
  			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
  MINC_ECOLI	P18196	5 (список не стабилизировался)	162	0,005	0,005	885	2e-05	0.16
  SSRP_ECOLI	P0A832	2 (список стабилизировался)	514	3e-10	5.4	514	5e-31	0.35
  RP5M_RHIME	P17265	4 (список стабилизировался)	15	0.005	0.12	25	8e-15	0.025
  PHOT_BACSU	O34627	5 (список не стабилизировался)	62	0.002	0.027	217	0.005	0.005

  В списках для MINC_ECOLI, PHOT_BACSU величина разрыва между худшим E-value выше порога и лучшим E-value ниже порога "скачет" от итерации к итерации. В списках для SSRP_ECOLI, RP5M_RHIME величина разрыва, как правило, уменьшается от итерации к итерации.

  
  
  
• После первой итерации (поиск гомологов MINC_ECOLI) MINC_ECO57 - лучшая находка-гомолог; E-value MINC_GEOKA чуть выше порога. В таблице показаны изменения E-value этих белков.

  № итерации	E-value MINC_ECO57 (Q8XDN0)	E-value MINC_GEOKA (Q5KWN7)
  1	2e-133	0.004
  2	3e-94	6e-24
  3	2e-80	2e-40
  4	1e-77	6e-41
  5	7e-60	2e-30
  от итерации к итерации	растет	как правило, уменьшается

  
  
  
• После первой итерации (поиск гомологов SSRP_ECOLI) SSRP_ECOL5 - лучшая находка-гомолог; E-value SSRP_MYCS5 чуть выше порога. В таблице показаны изменения E-value этих белков.

  № итерации	E-value SSRP_ECOL5 (Q0TEM0)	E-value SSRP_MYCS5 (Q4A5T2)
  1	9e-91	3e-10
  2	3e-74	5e-31
  от итерации к итерации	растет	уменьшается

  
  
  
• После первой итерации (поиск гомологов RP5M_RHIME) RP5M_BRAJA - лучшая находка-гомолог; E-value RP5M_PSEPK чуть выше порога. В таблице показаны изменения E-value этих белков.

  № итерации	E-value RP5M_BRAJA (P30334)	E-value RP5M_PSEPK (P0A147)
  1	2e-37	0.005
  2	2e-52	5e-20
  3	1e-54	7e-24
  4	4e-53	3e-24
  от итерации к итерации	уменьшается-уменьшается-растет	уменьшается

  
  
  
• После первой итерации (поиск гомологов PHOT_BACSU) PHOT_LISMO - лучшая находка-гомолог; E-value AER_ECOLI чуть выше порога. В таблице показаны изменения E-value этих белков.

  № итерации	E-value PHOT_LISMO (P58724)	E-value AER_ECOLI (P50466)
  1	3e-65	0.002
  2	1e-82	1e-18
  3	1e-66	2e-20
  4	1e-53	4e-16
  5	6e-46	5e-14
  от итерации к итерации	как правило, растет	уменьшается-уменьшается-растет-растет

  
  
  

2.

Если порог E-value равен 0,001, то список для MINC_ECOLI сходится на 3ей итерации; для PHOT_BACSU - на 18ой итерации.
Это связанно с тем, что круг "белков-гомологов" сужается.
В обоих случаях итерации будут вести себя так, только при пороге 0,001 - только в этом случае при всех итерациях выше порога окажется тот же набор белков.