Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

1. Доменная структура белка PHOT_BACSU по данным Pfam

   Cхема из Pfam:
   Пояснения к схеме
   №	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка PHOT_BACSU	Клан
   1.	PF00989	PAS	Название семейства - PAS fold. Семейство названно по трем из содержащихся в нем белков: Per - period circadian protein, Arnt - Ah receptor nuclear translocator protein, Sim - single-minded protein.	15-126	Клан PAS (CL0183), содержит 7 семейств.
   2.	PF01740	STAS	Полное название семейства - STAS domain. Название дано по функциям, выполняемым белками, входящими в семейство - Sulphate Tansporter и bacterial AntiSigma factor antagonist.	148-254	Клан ATP-grasp (CL0179), содержит 14 семейств.





2. Белки с доменом PAS встречаются в организмах 1840 видов.
   Белки с доменом STAS встречаются в организмах 1402 видов.
   

   Представленность домена PF01740 в организмах разных видов

   Таксон		Количество белков с доменом PF01740.
   Эукариоты	Зеленые растения	213
   	Грибы	202
   	Животные	281
   	Остальные эукариоты	38
   Бактерии		4477
   Археи		32





3. 
   

   Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

   №	PFAM ID	Bacillus subtilis
   1.	PAS	7 белков, в которых домен PAS встречается 1 раз: KINC_BACSU, A8IK99_BACSU, MALK_BACSU, RSBP_BACSU, PHOR_BACSU, PHOT_BACSU, RESE_BACSU; 3 белка, в каждом из которых домен PAS встречается 2 раза: YQIR_BACSU, KINE_BACSU, KINA_BACSU.
   2.	STAS	11 белков, в каждом из которых домен STAS встречается 1 раз: RSBV_BACSU, RSBRA_BACSU, RSBRC_BACSU, RSBS_BACSU, SP2AA_BACSU, RSBRB_BACSU, RSBRD_BACSU, YVDB_BACSU, YBAR_BACSU, YEZB_BACSU, PHOT_BACSU.

   PHOT_BACSU - единственный белок среди белков бактерии Bacillus subtilis , имеющий такую доменную организацию.




4. Домен STAS (PF01740) встречается в сочетании с разными доменами, например:
   B8GBZ0_CHLAD: (как и в большинстве белков, домен STAS расположен ближе к С-концу; два домена STAS расположены рядом)
   Q8YH39_BRUME: (домен STAS расположен ближе к N-концу)
   
   Домен PAS (PF00989) встречается в сочетании с разными доменами, например:
   A1JM71_YERE8: (три домена PAS)
   B9M1W6_GEOSF:




5. Выравнивание-затравка (seed) для домена PAS в формате MSF




6. Мотивы и структурные особенности, найденные БД InterPro в белке PHOT_BACSU:
   
   Самый короткий мотив - PAC (IPR001610). БД - SMART.
   Самый длинный мотив - Pfam-B_3650. БД - PfamB.
   Структурные домены 2pr5A, 2pr5B, MB_034627, SW_034627.
   Границы структурных доменов не совпадают с границами доменов Pfam.