A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1

Модели структур A-, B- и Z-формы ДНК, построенные с помощью инструментов пакета 3DNA:
gatc-a.pdb
gatc-b.pdb
gatc-z.pdb

Задание 2

Упр.1. Скрипт, последовательно выделяющий зеленым цветом:
a) сахарофосфатный остов ДНК,
б) все нуклеотиды,
в) все аденины,
г) атом N7 во всех гуанинах.
Скрипт можно применить к gatc-a.pdb, gatc-b.pdb, gatc-z.pdb.

Упр.2. Полученные файлы PDB:
1H4S.pdb
1MHD.pdb

Упр.3. Ни одна из цепей ДНК (файл 1MHD.pdb) не имеет разрывов.

Задание 3

Упр.1.
Выбран цитозин принадлежащий 8мому нуклеотиду цепи А (B-форма ДНК).

1. В сторону большой бороздки обращены атомы : C5, C6, C4, N4 (показаны красным цветом).
2. В сторону малой бороздки обращены атомы : N1, N3, C2, O2 (показаны синим цветом).

Упр.2.

	A-форма	B-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая
Шаг спирали (Å)	28,03	33,75
Число оснований на виток	11	10
Ширина большой бороздки	7,98 (от фосфора 29ого нуклеотида цепи B)	11,69 (от фосфора 14ого нуклеотида цепи А)
Ширина малой бороздки	16,61 (от фосфора 29ого нуклеотида цепи B)	17,21 (от фосфора 14ого нуклеотида цепи А)

Упр.3.

Торсионные углы выбранного цитозина	α	β	γ	δ	ε	ζ	χ
А-форма Презентация	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
А-форма	64,09	174,79	41.73	79.03	-147.78	40,80	-94,88
B-форма Презентация	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117
B-форма	85,89	136,32	31,14	143,35	-140,76	83,67	-34,36

Задание 4

Упр.1. Средние значения торсионных углов

Упр.2.

1. Номера нуклеотидов, образующих стебли(stems) во вторичной структуре заданной тРНК: 4-7 ----- 69-66, 49-53 ----- 65-61, 38-44 ----- 32-26, 10-13 ----- 25-22.
2. Неканонические пары оснований в структуре тРНК: 49-65, 54-58, 55-18, 44-26.
3. Дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру, присутствуют в парах: 54-58, 55-18, 8-14, 15-48, 19-56.

Упр.3. Cтандартное изображение стекинг-взаимодействия: