Упр.1. Скрипт
Упр.2. Контакты разного типа в комплексе 1MHD.pdb:
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 9 | 10 |
| остатками фосфорной кислоты | 9 | 2 | 11 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 8 | 9 | 17 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Скрипт, использовавшийся для выполнения задания.
Упр.3. Популярная схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot:
Упр.4.
Аминокислотные остатки с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК: Leu71(A), Leu71(B), Arg74(A) (по 2 контакта).
Картинка, иллюстрирующая контакты аминокислотного остатка Arg74(A) с ДНК: (синим показана молекула ДНК, зеленым - молекулы белка)
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
| Акцепторный стебель | 5' 4-7 3' 5' 66-69 3' Всего 4 пары |
0 |
| D-стебель | 5' 10-13 3' 5' 22-25 3' Всего 4 пары |
0 |
| T-стебель | 5' 49-53 3' 5' 61-65 3' Всего 5 пар |
0 |
| Антикодоновый стебель | 5' 38-44 3' 5' 26-32 3' Всего 7 пар |
0 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 |
Картинка с лучшим предсказанием (P=5%, dG=-20.97 [initially -22.40]), полученным при помощи программы, реализующей алгоритм Зукера:
