Простейший профиль: частотная матрица.

1. Построение частотной матрицы (профиля) по участку выравнивания программой prophecy.

• Был создан файл, содержащий тот участок выравнивания, по которому строился паттерн:
  открыть файл с выравниванием в GeneDoc
  Edit -> Select columns -> выделить колонки, по которым строился паттерн -> Project -> Copy to new project
  Shade -> Clean all man shade; отменить группы (автоматически снимется раскраска по группам)
  Project -> Edit sequence list -> выбрать белки контрольной группы -> Delete
  сохранить файл с исходным частичным выравниванием.
• На kodomo была запущена программа prophecy (Input (aligned) sequence set: файл с исходным частичным выравниванием; Enter threshold reporting percentage: 30).
• Файл с профилем содержит таблицу, где строки - это позиции выравнивания; столбцы - аминокислоты; цифра на пересечении строки и столбца - количество появлений данной аминокислоты в данной позиции выравнивания.

2. Поиск участков, дающих счёт выше 30 при сравнении с созданным профилем, в бактериальных белках из Swiss-Prot.

• Поиск был проведен программой profit. Результат работы программы - файл, где:
  The first column is the name of the matching sequence found.
  The second is the start position in the sequence of the match.
  The third column (after the word 'Percentage:') is the percentage of the maximum possible score (sum of the highest value at each position in the frequency matrix).
• Общее число находок программы profit - 917.
  Число находок, имеющих счет больше 40 - 802.
  Число находок, имеющих счет больше 50 - 802.
  Число находок, имеющих счет больше 60 - 796.
• Обработанную выдачу программы profit можно посмотреть в файле.

3. Анализ списка найденных белков (при помощи скрипта).

• При пороге 30:
  1. Число верных находок ("True positive hits", TP) - 156
  2. Число ложных находок ("False positive hits", FP) - 760
  3. Число ненайденных белков подсемейства ("False negatives", FN) - 1
  4. Чувствительность TP/(TP+FN) - 0.993630573248408
  5. Селективность TP/(TP+FP) - 0.170305676855895
• 
  
• При пороге 86 селективность профиля близка к селективности паттерна, созданного на предыдущем занятии (см. результат работы скрипта). Чувстительность профиля при пороге 86 (0.882716049382716) выше чувствительности паттерна (0,7820512820512821).