PSI-BLAST

Таблица отчета 1. Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt

Параметры программы blastp:

• учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) — no adjustment(значение по умолчанию);
• фильтр на области низкой сложности — фильтр поставлен(значение по умолчанию);
• максимальное значение E-value — 10 (значение по умолчанию);
• максимальное количество находок (Number of Descriptions) поставлен 1000.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5*10-82	LGB1_LUPLU	100	154
В бактериях (Bacteria)	36	1*10-6	HMP_RHIME	29	117
В Escherichia coli K-12	-	-	-	-	-
В животных (Metazoa)	26	2*10-6	NGB_BRARE	25	141
В человеке	3	5.8	CRNL1_HUMAN	28	78

В человеке удалось найти 3 белка, а в кишечной палочке ни одного.

Таблица 2. Итерационный поиск гомологов LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt с помощью программы PSI-BLAST

Параметры программы blastp:

• учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) — no adjustment(значение по умолчанию);
• фильтр на области низкой сложности — фильтр поставлен(значение по умолчанию);
• максимальное значение E-value — 10 (значение по умолчанию);
• максимальное количество находок (Number of Descriptions) поставлен 1000.

Количество находок с E-value меньшим, чем 0,005, перестало возрастать после 5ти итераций.

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
					Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	+	5	+	-	-	-	-	CRNL1_HUMAN	5.8	28	78
2	38	+	332	+	HMP_ECOLI	1e-29	20	148	NGB_HUMAN	2e-19	21	143
3	38	-	879	+	HMP_ECOLI	6e-2	20	148	HBG2_HUMAN	8e-45	18	150
4	38	-	884	+	HMP_ECOLI	2e-22	20	143	HBE_HUMAN	5e-54	17	154
4	38	-	884	-	HMP_ECOLI	2e-22	20	143	HBE_HUMAN	5e-54	17	154

1. Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?

   Программу Psi-blast используют при поиске далёких гомологов, которые не могут быть найдены программой blastp. Примером являются гомологи исследуемого белка из Escherichia coli, которые не были найдены с помощью программы blastp, но в то же время были найдены программой Psi-blast

2. Что представляет собой первая итерация PSI-BLAST?

   Первая итерация - выборка предположительных гомологов исследуемого белка, те же результаты дает blastp.

3. Что удалось найти, по Вашему мнению, в результате упражнения №2?

   В результате упражнения №2 были получены гомологи белка LGB1_LUPLU. При этом были найдены гомологи исследуемого белка среди белков Esherichia coli, которые не удалось найти при поиске с использованием blastp. Вообще, Psi-blast используется для нахождения далёких гомологов, принадлежащих организмам из различных таксонов.

4. Что происходит с "лучшими находками" на разных итерациях?

   1. Могли меняться сами "лучшие" находки, так как меняются белки, найденные новым профилем по сравнению с предыдущей итерацией. Как видно из таблицы №2, смена лучшей находки наблюдается среди белков из Homo sapiens sapiens. При этом лучшая находка среди белков Esherichia coli оставалась постоянной.
   2. Изменяется количество самих находок.
   3. С каждой новой итерацией (не считая последней) изменяются значения E-value и процент идентичности, так как опять же меняется находка и появляются новые найденные белки.