Глобальное выравнивание белка BioA_ECOLI и последовательности, составленной из его частей 
Length: 429
Identity:      23/429 ( 5.4%)
Similarity:    23/429 ( 5.4%)
Gaps:         406/429 (94.6%)
Score: 77.0

Локальное выравнивание белка BioA_ECOLI и последовательности, составленной из его частей 
Length: 76
Identity:      23/76 (30.3%)
Similarity:    23/76 (30.3%)
Gaps:          53/76 (69.7%)
Score: 77.0

Так как последовательность белка BioA_ECOLI сравнивалась с последовательностью, составленной из его частей, 
то очевидно, что должны были получиться выравнивания, различающиеся только длиной. Так оно и получилось.
Локальные выравнивания последовательностей из BIOA_ECOLI.fasta и thirdprot.fasta, полученные  с помощью программы matcher с выводом трех наилучших вариантов.

1. Лучшее выравнивание из выравниваний, полученных программой matcher, является выравниванием второго фрагмента из искусственной последовательности соответсвующему участку в белке. 
Именно это выравнивание является лучшим  потому, что второй выбранный участок из белка BioA_ECOLI. 


# Length: 14
# Identity:      13/14 (92.9%)
# Similarity:    13/14 (92.9%)
# Gaps:           0/14 ( 0.0%)
# Score: 59
# 
#
#=======================================

             70      
BIOA_E QLNAAMKSQIDAMS
       : ::::::::::::
       QRNAAMKSQIDAMS
      10        20   


2. Второе выравнивание соответствует сопоставлению первого фрагмента соответствующему участку в белке. 
Вес этого выравнивания несколько меньше веса первого выравнивания, это обусловлено тем, что первое первый выбранный участок короче второго.

#
# Aligned_sequences: 2
# 1: BIOA_ECOLI
# 2: 
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 12
# Identity:      11/12 (91.7%)
# Similarity:    12/12 (100.0%)
# Gaps:           0/12 ( 0.0%)
# Score: 58
# 
#
#=======================================

               10  
BIOA_E MTTDDLAFDQRH
       :::::::::::.
       MTTDDLAFDQRN
               10  


3. Последнее выравнивание соответствующее сопоставлению части искусственной последовательности и случайного участка последовательности белка BioA_ECOLI.

#
# Aligned_sequences: 2
# 1: BIOA_ECOLI
# 2: 
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 14
# Extend_penalty: 4
#
# Length: 19
# Identity:       6/19 (31.6%)
# Similarity:    11/19 (57.9%)
# Gaps:           0/19 ( 0.0%)
# Score: 21
# 
#
#=======================================

     190       200        
BIOA_E DMVGFARLMAAHRHEIAAV
       : . : .  :: . .: :.
       DDLAFDQRNAAMKSQIDAM
            10        20