Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

В базе данных SMART получено изображение доменной структуры белка BioA_ECOLI. По домену получено эталонное выравнивание доменов, гомологичных данному, то есть домену Aminotran_3.

Фрагмент эталонного выравнивания, выбранный для дальнейшего детального исследования

Эталонное выравнивание получено из БД Pfam. Видно, что фрагмент включает в себя участки хорошего и плохого выравниваения. В списке выданных Pfam последовательностей по запросу домена белка BioA_ECOLI самого белка не оказалось.

Поэтому для рассмотрения взяты следующие белки:

AOT_PLAFD
YKAB_BACPF
ARGD_ECOLI
GABT_HUMAN
BIOA_CORGL

* 2 0 * 4 0 * 6 0

O A T _ P L A F D _ : V A D E V Q T G L G R T G K L L C T H H Y G V K P - - D V I L L G - K A L S G G H Y P I S A I L A N D D V M L V L K P G E - - - : 5 8

Y K A B _ B A C P F : I F D E V Q T G F G R T G E W F A A Q T F G V T P - - D I M A I A - K G I A S G - L P L S A T V A N H T L M Q Q W P L G S - - - : 5 7

A R G D _ E C O L I : V F D E V Q C G M G R T G D L F A Y M H Y G V T P - - D I L T S A - K A L G G G - F P I S A M L T T A E I A S A F H P G S - - - : 5 7

G A B T _ H U M A N : L V D E V Q T G G G C T G K F W A H E H W G L D D P A D V M T F S K K M M T G G - F F H K E E F R P N A P Y R I F - - - - - - - : 5 6

B I O A _ C O R G L : I V D E I A T G F G R T G E L F A T L S N G L Q P - - D I M C V G - K A L T G G F M S F A A T L C T D K V A Q L I S T P N G G G : 6 1

6 D E 6 q t G G r T G a G 6 p D 6 6 K 6 g G a

Множественное выравнивание последовательностей белков, взятых для дальнейшего рассмотрения (AOT_PLAFD, YKAB_BACPF, ARGD_ECOLI, GABT_HUMAN, BIOA_CORGL)

Пользуясь программой emma пакета EMBOSS, одна из реализаций ClustalW, построено множественное выравнивание взятых белков. Цветом выделены фрагменты последовательностей из эталонного выравнивания.

3 2 0 * 3 4 0 * 3 6 0 * 3

O A T _ P L A F D : C K K Y N V L F V A D E V Q T G L G R T G K L L C T H H Y G V K P D V I L L G K A L S G G H Y P I S A I L A N D D V M L V L K : 2 8 5

Y K A B _ B A C P F : C N R H D I L L I F D E V Q T G F G R T G E W F A A Q T F G V T P D I M A I A K G I A S G - L P L S A T V A N H T L M Q Q W P : 3 0 2

A R G D _ E C O L I : C D Q H Q A L L V F D E V Q C G M G R T G D L F A Y M H Y G V T P D I L T S A K A L G G G - F P I S A M L T T A E I A S A F H : 2 7 6

G A B T _ H U M A N : A R K H G C A F L V D E V Q T G G G C T G K F W A H E H W G L D D P A D V M T F S K K M M T G G F F H K E E F R P N A P Y R I : 3 7 8

B I O A _ C O R G L : C K K H D R F L I V D E I A T G F G R T G E L F A T L S N G L Q P D I M C V G K A L T G G F M S F A A T L C T D K V A Q L I S : 2 9 5

c h 6 D E 6 q t G G r T G a G 6 p d k g a

8 0 * 4 0 0 * 4 2 0 * 4 4 0

O A T _ P L A F D : P G E - - - - - - H G S T Y G G N P L A A A I C V E A L K V L I N E K L C E N A D K L - G A P F L Q N L K E Q L K D S K V V R : 3 4 1

Y K A B _ B A C P F : L G S - - - - - - H G T T F G G N P I A C S A A L A T L D V L K E E N L L D N A R E V - G A Y A R E R L N L L K E K Y E M I G : 3 5 8

A R G D _ E C O L I : P G S - - - - - - H G S T Y G G N P L A C A V A G A A F D I I N T P E V L E G I Q A K - R Q R F V D H L Q K I D Q Q Y D V F S : 3 3 2

G A B T _ H U M A N : F N T - - - - - - - - - - W L G D P S K N L L L A E V I N I I K R E D L L N N A A H A G K A L L T G L L D L Q A R Y P Q F I S : 4 3 1

B I O A _ C O R G L : T P N G G G A L M H G P T F M A N P L A C A V S H A S L E I I E T G M W Q K Q V K R I - E A E L I A G L S P L Q H L P - G V A : 3 5 6

h g t 5 g 1 P a 6 6 a L

Результаты:

число колонок во фрагменте из Pfam равно 64,
совпали 25 колонок из множественного и эталонного выравнивания.

Мера сходства

Мерой сходства двух выравниваний можно считать количество совпавших колонок, деленное на общее число колонок в эталонном выравнивании.

(25/64)*100%=39,06%

Мера сходства не очень велика, но тем не менее, совпали колонки из наиболее консервативного участка эталонного выравнивания.